AutoDock: Różnice pomiędzy wersjami
| Linia 1: | Linia 1: | ||
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < AutoDock</small> | <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < AutoDock</small> | ||
| − | + | {{aplikacja|nazwa=AutoDock|serwer=[[Bem]]|wersja=4.2.6}} | |
'''AutoDock''' - aplikacja służąca do przewidywania sposobu wiązania się ligandów do receptora o znanej strukturze przestrzennej. | '''AutoDock''' - aplikacja służąca do przewidywania sposobu wiązania się ligandów do receptora o znanej strukturze przestrzennej. | ||
| Linia 10: | Linia 10: | ||
== Korzystanie w WCSS== | == Korzystanie w WCSS== | ||
| − | AutoDock jest aplikacją sekwencyjną. | + | * AutoDock jest aplikacją sekwencyjną. |
| + | *Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego. | ||
| + | |||
| + | ''' Środowisko i praca interaktywna ''' | ||
| + | |||
| + | Przed przystąpieniem do korzystania z aplikacji w trybie interaktywnym należy wstawić do kolejki zadanie interaktywne, np.: | ||
| + | |||
| + | > '''qsub -I''' -l walltime=06:00:00 -l software=AutoDock | ||
| + | |||
| + | Następnie należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie, odpowiednio do wersji, której chcemy użyć: | ||
| + | > module load autodock (dla wersji domyślnej) | ||
| + | > module load autodock/4.2.6 | ||
| + | |||
| + | Powyższe polecenie ustawia odpowiednie ścieżki dostępu do aktualnie najnowszej wersji programu, w tym do polecenia <code>autodock4</code> i pozostałych poleceń wywołujących poszczególne moduły. | ||
| + | |||
| + | |||
| + | '''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]? | ||
| + | |||
| + | |||
| + | ''' Wstawianie zadań do kolejki ''' | ||
| + | |||
| + | Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-autodock-4.2.6 | ||
| + | |||
| + | Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować: | ||
| + | |||
| + | >sub-autodock-4.2.6 | ||
| + | Usage: /usr/local/bin/sub-autodock-4.2.6 input_file [parameters] | ||
| + | Parameters: | ||
| + | -q queue (default - main) | ||
| + | -w walltime (in hours, default - 504) | ||
| + | |||
| + | |||
| + | Na przykład | ||
| + | |||
| + | > sub-autodock-4.2.6 recluster.dpf -w 2 | ||
| + | |||
| + | Zadanie uruchomione zostanie na 1 rdzeniu (w obrębie jednego węzła), wymaga 2000 MB pamięci, walltime zadania jest równy 2 godziny. | ||
| + | |||
| − | + | '''Uwaga''' | |
| − | + | Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity). | |
| − | |||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
== Dokumentacja == | == Dokumentacja == | ||
Wersja z 14:01, 21 mar 2016
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < AutoDock
| AutoDock | |
|---|---|
| Serwer | Wersja |
| Bem | 4.2.6 |
| Kontakt | |
| kdm@wcss.pl | |
AutoDock - aplikacja służąca do przewidywania sposobu wiązania się ligandów do receptora o znanej strukturze przestrzennej.
Liencja
Pakiet udostępniany jest na wolnej licencji GNU GPL.
Informacje o wykorzystaniu
Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):
"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "
"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."
Korzystanie w WCSS
- AutoDock jest aplikacją sekwencyjną.
- Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.
Środowisko i praca interaktywna
Przed przystąpieniem do korzystania z aplikacji w trybie interaktywnym należy wstawić do kolejki zadanie interaktywne, np.:
> qsub -I -l walltime=06:00:00 -l software=AutoDock
Następnie należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie, odpowiednio do wersji, której chcemy użyć:
> module load autodock (dla wersji domyślnej) > module load autodock/4.2.6
Powyższe polecenie ustawia odpowiednie ścieżki dostępu do aktualnie najnowszej wersji programu, w tym do polecenia autodock4 i pozostałych poleceń wywołujących poszczególne moduły.
Zobacz też: Jak korzystać z kolejek PBS?
Wstawianie zadań do kolejki
Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-autodock-4.2.6
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:
>sub-autodock-4.2.6 Usage: /usr/local/bin/sub-autodock-4.2.6 input_file [parameters] Parameters: -q queue (default - main) -w walltime (in hours, default - 504)
Na przykład
> sub-autodock-4.2.6 recluster.dpf -w 2
Zadanie uruchomione zostanie na 1 rdzeniu (w obrębie jednego węzła), wymaga 2000 MB pamięci, walltime zadania jest równy 2 godziny.
Uwaga
Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).
Dokumentacja
Zobacz też:
- Oprogramowanie KDM
- System kolejkowy PBS
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|