Molpro: Różnice pomiędzy wersjami
| Linia 50: | Linia 50: | ||
* jeden MEGA WORD = 8 MEGA BAJTÓW ! | * jeden MEGA WORD = 8 MEGA BAJTÓW ! | ||
* interesująca dyskusja na temat pamięci w MOLPRO: http://www.molpro.net/pipermail/molpro-user/2010-April/003723.html | * interesująca dyskusja na temat pamięci w MOLPRO: http://www.molpro.net/pipermail/molpro-user/2010-April/003723.html | ||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
=== Molpro 2010.1 === | === Molpro 2010.1 === | ||
Wersja z 15:14, 23 lut 2016
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Molpro
| Molpro | |
|---|---|
| |
| Serwer | Wersja |
| Bem | 2012.1.12 |
| Kontakt | |
| kdm@wcss.pl | |
MOLPRO jest całościowym pakietem do obliczeń w dziedzinie chemii kwantowej, oferującym zaawansowane jak i podstawowe metody ab initio, ze szczególnym uwzględnieniem metod korelacyjnych. Twórcami pakietu są H.J. Werner, P.J. Knowles i wielu innych, którzy przyczynili się do jego rozwoju.
Informacje ogólne
Główne cechy MOLPRO:
- pełny zakres metod ab initio
- moduły
directilocaldla obliczeń w trybie Direct SCF oraz Localized Moeller-Plesset - obliczenia przeprowadzane z utrzymaniem maksymalnej możliwej precyzji
- możliwość generowania danych wsadowych dla Gaussiana, Moldena, formaty XYZ, i inne
- przyjazna i bardzo elastyczna składnia danych wejściowych (proste słownictwo, wyrażenia, zmienne, pętle, warunki, procedury, itp.)
Pakiet napisany jest głównie w języku Fortran90. Licencjonowaniem MOLPRO zajmuje się University College Cardiff Consultants Limited.
MOLPRO w WCSS
Zalecenia ogólne
Testowe uruchomienia programu powinny być wykonywane jako zadanie interaktywne:
qsub -I -l walltime=06:00:00 -l software=Molpro_WERSJA
Następnie program można uruchomić po wgraniu odpowiedniego modułu:
module load molpro (dla wersji domyślnej)
Program można wywoływać poleceniem:
molpro [opcje] plik.inp
Zadania obliczeniowe wstawia się do kolejki wywołując:
> sub-molpro Usage: /usr/local/bin/sub-molpro input_file [parameters] Parameters: -q queue (default - main) -n nodes (default - 1) -p cores (per node, default - 1) -m memory (per node, in MB, default - 2000) -w walltime (in hours, default - 504)
Na przykład
> sub-molpro test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2
Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.
- Uwaga
Należy pamiętać o podaniu w pliku danych odpowiedniej karty memory. Wartość podawana w tej karcie musi być nieco mniejsza niż wartość pamięci podana jako argument dla skryptu sub-molpro, tak aby system kolejkowy miał pewien bufor operacyjny.
Ważne:
- karta memory specyfikuje pamięć per każdy proces MOLPRO !
- jeden MEGA WORD = 8 MEGA BAJTÓW !
- interesująca dyskusja na temat pamięci w MOLPRO: http://www.molpro.net/pipermail/molpro-user/2010-April/003723.html
Molpro 2010.1
- system obliczeniowy: Supernova
Zostały zainstalowane dwie wersje: mpp oraz mppx.
Molpro2010.1 w wersji mppx uruchamia n-samodzielnych (niezależnych) zadań, gdzie n = liczba zadeklarowanych procesorów. Wersja "mppx" jest znacznie szybsza od wersji "mpp" w zadaniach liczących gradienty i hessiany.
Zadania obliczeniowe wstawia się do kolejki wywołując:
sub-molpro_mppx plik.inp [liczba-wezlow] [liczba-cpu-per-wezel] [wielkosc-pamieci-w-MB-per-węzeł] [kolejka]
Molpro2010.1 w wersji mpp uruchamia N procesów, które liczą jedno zadanie, gdzie N = liczba zadeklarowanych procesorów. Zaimplementowane są w niej wszystkie metody dostępne w Molpro2010.1.
Zadania do kolejki wstawia się wywołując:
sub-molpro-2010.1 plik.inp [liczba-wezlow] [liczba-cpu-per-wezel] [wielkosc-pamieci-w-MB-per-węzeł] [kolejka]
Domyślnie zadanie zostanie wstawione do kolejki normal z przydziałem 1 węzła, 4 CPU per węzeł i 1800MB pamięci dla każdego CPU.
Molpro 2012.1
- system obliczeniowy: Supernova
Począwszy od wersji 2012 metody zrównoleglenia MPP i MPPX są zintegrowane w tej samej instalacji a algorytm jest wybierany automatycznie podczas uruchomienia.
Zadania obliczeniowe wstawia się do kolejki wywołując:
sub-molpro-2012.1.5 plik.inp liczba_procesorow pamiec_w_MB_per_procesor kolejka plik.inp - plik z danymi wejsciowymi, wyniki w plik.log
Można korzystać także z polecenia sub-molpro, które wskazuje na najnowszą zainstalowaną wersję domyślną programu.
Informacje o wykorzystaniu
Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):
"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "
"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."
Dokumentacja
Zobacz też: Oprogramowanie KDM
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|