LAMMPS: Różnice pomiędzy wersjami
| Linia 28: | Linia 28: | ||
> -m memory (per node, in MB, default - 2000) | > -m memory (per node, in MB, default - 2000) | ||
> -w walltime (in hours, default - 504) | > -w walltime (in hours, default - 504) | ||
| − | |||
=== Praca w trybie interaktywnym === | === Praca w trybie interaktywnym === | ||
Praca z pakietem w trybie interaktywnym jest możliwa po uruchomieniu [[Jak_korzystać_z_kolejek_PBS#Uruchomienie_zadania_interaktywnego|zadania interaktywnego]]: | Praca z pakietem w trybie interaktywnym jest możliwa po uruchomieniu [[Jak_korzystać_z_kolejek_PBS#Uruchomienie_zadania_interaktywnego|zadania interaktywnego]]: | ||
> qsub -I -l walltime=2:00:00 | > qsub -I -l walltime=2:00:00 | ||
| − | + | Wersje programu Lammps, zainstalowane na klastrze Bem, można sprawdzić poprzez wyświetlenie dostępnych modułów: | |
| + | > module avail lammps | ||
Środowisko programu inicjowane jest w powłoce przez polecenie (w zależności od wersji programu): | Środowisko programu inicjowane jest w powłoce przez polecenie (w zależności od wersji programu): | ||
> module load lammps/20141209 | > module load lammps/20141209 | ||
| Linia 43: | Linia 43: | ||
* x - liczba zrównoleglanych procesów | * x - liczba zrównoleglanych procesów | ||
* in.plik - plik inputowy | * in.plik - plik inputowy | ||
| − | |||
Wersja z 12:50, 13 paź 2017
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < LAMMPS
| LAMMPS | |
|---|---|
| Serwer | Wersja |
| Bem | LAMMPS 20170331 LAMMPS 20160514 LAMMPS 20141209 |
| Kontakt | |
| kdm@wcss.pl | |
LAMMPS (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) - oprogramowanie służące do symulacji dynamiki molekularnej.
Licencja
Pakiet jest darmowy, rozpowszechniany na licencji GNU GPL.
Informacje o wykorzystaniu
Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):
"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "
"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."
LAMMPS w WCSS
Wstawianie zadań do kolejki
Zadania obliczeniowe należy wstawiać do jednej z kolejek systemu PBS. Można w tym celu skorzystać z gotowych skryptów:
sub-lammps (uruchamia wersję 20141209)
sub-lammps-20141209
sub-lammps-20160514
sub-lammps-20170331
>[wcss] user@bem ~ > sub-lammps > Usage: /usr/local/bin/sub-lammps in.file [parameters] > Parameters: > -q queue (default - main) > -n nodes (default - 1) > -p cores (per node, default - 1) > -m memory (per node, in MB, default - 2000) > -w walltime (in hours, default - 504)
Praca w trybie interaktywnym
Praca z pakietem w trybie interaktywnym jest możliwa po uruchomieniu zadania interaktywnego:
> qsub -I -l walltime=2:00:00
Wersje programu Lammps, zainstalowane na klastrze Bem, można sprawdzić poprzez wyświetlenie dostępnych modułów:
> module avail lammps
Środowisko programu inicjowane jest w powłoce przez polecenie (w zależności od wersji programu):
> module load lammps/20141209
Po ustawieniu środowiska można korzystać z polecenia do uruchamiania programu:
> lmp_wcss <in.plik
lub
> mpirun -np x lmp_wcss <in.plik
gdzie:
- x - liczba zrównoleglanych procesów
- in.plik - plik inputowy
- Zobacz też
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|