Virtualenv: Różnice pomiędzy wersjami
| Linia 61: | Linia 61: | ||
$HOME/cif2cell/bin/cif2cell | $HOME/cif2cell/bin/cif2cell | ||
| + | |||
| + | == Jak użyć oprogramowanie zainstalowane w środowisku wirtualnym - zadanie wsadowe == | ||
| + | |||
| + | Oprogramowanie, które zostało zainstalowane w środowisku wirtualnym można uruchomić w zadaniu wsadowym. | ||
| + | |||
| + | W tym celu należy umieścić w skrypcie następujące polecenie | ||
| + | |||
| + | $HOME/cif2cell/bin/cif2cell | ||
| + | |||
| + | |||
== Virtualenv w sieci == | == Virtualenv w sieci == | ||
Wersja z 12:26, 2 mar 2018
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Virtualenv
Virtualenv jest narzędziem umożliwiającym tworzenie i zarządzanie środowiskami Pythona. Można je stosować do instalacji pakietów Pythona we własnym katalogu domowym.
Jak utworzyć i uruchomić środowisko wirtualne
Uruchom zadanie interaktywne i załaduj moduł Pythona
qsub -I -l walltime=06:00:00 -l software=python -l select=1:ncpus=1:mem=1000mb module load python
Utwórz środowisko wirtualne w wybranym katalogu (w tym przykładzie będzie to katalog $HOME/projekt)
virtualenv $HOME/projekt
Uruchom utworzone środowisko wirtualne
source $HOME/projekt/bin/activate
Jak wyłączyć środowisko wirtualne
Użyj polecenia
deactivate
Przykład instalacji pakietu w środowisku wirtualnym
Poniżej zaprezentowano procedurę instalacji pakietu cif2cell w środowisku wirtualnym Pythona.
Uruchom zadanie interaktywne i załaduj moduł Pythona
qsub -I -l walltime=06:00:00 -l software=python -l select=1:ncpus=1:mem=1000mb module load python
Utwórz środowisko wirtualne w wybranym katalogu (w tym przykładzie będzie to katalog $HOME/cif2cell)
virtualenv $HOME/cif2cell
Uruchom utworzone środowisko wirtualne
source $HOME/cif2cell/bin/activate
Zainstaluj odpowiedni pakiet (w tym przypadku do instalacji cif2cell wymagany jest pakiet PyCIFRW)
pip install PyCIFRW
Zainstaluj oprogramowanie cif2cell w katalogu $HOME/cif2cell.
W tym celu rozpakuj pobrane pliki oprogramowania cif2cell i przejdź do katalogu ze źródłami tego pakietu
tar -xf cif2cell-1.2.10.tar.gz cd cif2cell-1.2.10
oraz uruchom polecenie
python setup.py install --prefix=$HOME/cif2cell
W katalogu $HOME/cif2cell/bin utworzony zostanie plik wykonywalny cif2cell.
Aby użyć zainstalowane oprogramowanie cif2cell należy wykonać polecenie
$HOME/cif2cell/bin/cif2cell
Jak użyć oprogramowanie zainstalowane w środowisku wirtualnym - zadanie wsadowe
Oprogramowanie, które zostało zainstalowane w środowisku wirtualnym można uruchomić w zadaniu wsadowym.
W tym celu należy umieścić w skrypcie następujące polecenie
$HOME/cif2cell/bin/cif2cell
Virtualenv w sieci
Zobacz też: Oprogramowanie KDM, Python
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|