Tripos Sybyl
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe
| SYBYL | |
|---|---|
| Serwer | Wersja |
| Tezro | 8.0 |
| Klaster kampusowy | Sybyl-X 1.3 |
| Do pobrania | Sybyl-X 1.3 |
| Kontakt | |
| kdm@wcss.pl | |
SYBYL - pakiet chemiczny firmy Tripos. SYBYL jest oprogramowaniem do modelowania molekularnego, umożliwiającym projektowanie, analizę i wizualizację struktur molekularnych.
Licencja
WCSS udostępnia pakiet SYBYL (wersja 8.0) w ramach krajowej licencji na oprogramowanie firmy Tripos, koordynowanej przez ICM (strona licencji krajowej: http://www.icm.edu.pl/kdm/Tripos).
Licencja jest ważna do 30 września 2012. Użytkownicy planujący wykorzystanie Sybyla po tej dacie proszeni są o zgłaszanie swoich planów administratorom.
Sybyl w WCSS
Sybyl jest dostępny na Tezro w wersji 8.0. Najnowszą wersję oprogramowania Sybyl-X udostępniamy do zainstalowania na swoim komputerze (Windows, Mac OS, Linux), w celu ustalenia możliwości udostępnienia prosimy kontaktować się z administratorami.
- Środowisko aplikacji
SYBYL wymaga kilku zmiennych środowiskowych, które ustawiane są domyślnie dla każdego użytkownika podczas logowania na serwer, np. dla tcsh:
setenv TA_ROOT /usr/local/tripos/sybyl8.0 setenv TA_LICENSE_FILE /usr/local/licenses/tripos.lic
Domyślne ustawienia pakietu można personalizować ustawiając opcje w pliku /home/$USER/.sybylrc.
- Uruchamianie aplikacji
Aby uruchomić aplikację na zdalnej stacji graficznej należy:
- mieć uruchomione na stacji środowisko graficzne X-Window
- zalogować się na serwer Tezro, pamiętając o przekierowaniu wyświetlania
> ssh -X tezro
- wywołać program komendą:
> sybyl
Uwaga - prosimy o sprawdzanie, czy po zakończeniu pracy interaktywnej nie został zbędny proces w tle.
- Sprawdzanie dostępności modułów
Ponieważ Tripos Sybyl jest udostępniany w ramach licencji krajowej może się zdarzyć, że poszczególne moduły będą w danej chwili w użyciu i trzeba poczekać na zwolnienie się odpowiedniej liczby tokenów. Każdy użytkownik może sprawdzić aktualny stan wykorzystania modułów odpytując serwer licencji:
- na serwerze wykonać polecenie, np. dla tcsh:
> setenv LM_LICENSE_FILE 1705@krankenschwester.icm.edu.pl > lmstat -a
- dla wygody można wynik polecenia przekierować do pliku
> lmstat -a > sybyl.status.txt > less sybyl.status.txt
Lista modułów
|
|
Nowe moduły
Uwaga - wycofano oprogramowanie FlexX.
Dokumentacja
Dokumentacja on-line dostępna na serwerze usługowym KDM:
- Tripos Bookshelf (dostępna wyłącznie z komputerów sieci WASK)
- Linki zewnętrzne
Zobacz też: Oprogramowanie KDM
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|