Dalton

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe

Zasoby Nova

Dalton - oprogramowanie do obliczeń kwantowo-chemicznych. Pozwala wyznaczać właściwości molekularne, w tym optyczne i elektryczne (np. liniowe i nieliniowe polaryzowalności) oraz magnetyczne (NMR, podatność magnetyczna). Udostępnia metody obliczeniowe: Hartree-Focka, wielokonfiguracyjną metodę pola samouzgodnionego, sprzężonych klasterów, teorię funkcjonału gęstości (z metodą Kohna-Shama). Jako bazy funkcyjnej program używa funkcji Gaussa (Gaussian type orbitals, GTO).

Licencja

WCSS posiada darmową licencję instytucjonalną na Daltona 2.0.

Użytkownicy korzystający z Daltona zobowiązani są do umieszczenia w publikacjach, wykorzystujących wyniki obliczeń wykonanych przy użyciu tego oprogramowania, cytowania następującej treści:

"DALTON, a molecular electronic structure program, Release 2.0 (2005), 
see http://www.kjemi.uio.no/software/dalton/dalton.html "

Korzystanie w WCSS

Dalton w wersji 2.0 jest zainstalowany na klastrze Nova, w katalogu:

/usr/local/dalton-2.0

Dostępna jest wersja sekwencyjna i równoległa programu.

/usr/local/dalton-2.0/bin/dalton.x
/usr/local/dalton-2.0/bin/dalpar.x

Uruchamianie

Polecenie do uruchamiania aplikacji:

/usr/local/dalton-2.0/bin/dalton

Dalton do obliczeń potrzebuje zbioru instrukcji (plik .dal) oraz danych (plik .mol). Uruchomienie obliczeń dla przykładowych plików:

> ls
calc.dal
h2o.mol
> /usr/local/dalton-2.0/bin/dalton calc h2o

Jeśli obydwa pliki mają tę samą nazwę bazową, np. h2o.dal i h2o.mol, program można uruchomić następująco:

> /usr/local/dalton-2.0/bin/dalton h2o

Wstawianie do kolejki

Zadania obliczeniowe należy wstawiać do kolejki, korzystając z polecenia:

sub-dalton plik.dal plik.mol wielkosc_pamieci_w_MB [kolejka] [liczba_procesorow]

Gdzie:

• plik.dal - plik wejściowy z instrukcjami
• plik.mol - plik wejściowy z danymi
• wielkosc_pamieci_w_MB - całkowity rozmiar pamięci RAM dla zadania
• kolejka - parametr opcjonalny, kolejka PBS, do której ma zostać wstawione zadanie, wartość domyślna: normal.
• liczba_procesorow - parametr opcjonalny, liczba procesorów dla zadania, wartość domyślna: 1 CPU, może przyjmować wartości 1,2 lub wielokrotność 4.

Obliczenia równoległe

Dalton w wersji równoległej korzysta z MVAPICH (procesy komunikują się przez sieć InfiniBand). Skrypt uruchamiający program używa komendy mpiexec (a nie mpirun). Na klastrze Nova należy korzystać z mpiexec dostępnego w katalogu: /usr/locla/bin/mpiexec.

Do wykonania obliczeń równoległych potrzebne są odpowiednio przygotowane pliki wejściowe.

Uruchamianie obliczeń równoległych w kolejce, przykład:

sub-dalton plik.dal plik.mol wielkosc_pamieci_w_MB kolejka liczba_procesorow
sub-dalton calc.dal h2o.mol 4000 parallel 2

Dokumentacja

• Strona domowa pakietu
• Manual: PDF