Hmmer

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe

Zasoby Nova

HMMER - aplikacja przeznaczona do skanowania bibliotek białek w poszukiwaniu homologów oraz porównywania i nakładania sekwencji aminokwasowych. Zaimplementowano w niej dyskretny model Markownikowa.

W porównaniu do BLAST (Basic Local Alignment Search Tool), FASTA oraz innych starszych metod bazujących na systemach liczenia punktów za dopasowanie (alligment score), HMMR wydaje się być bardziej dokładny, zdolny do wykrycia sekwencji homologicznych białek u organizmów będących w dość znacznym dystansie filogenetycznym.

Wersja 3.0, w przeciwieństwie do starszych, wolniejszych wersji, cechuje się wydajnością porównywalną z algorytmem BLAST.

HMMER jest udostępniany na licencji GNU GPL v3.

HMMER w WCSS

HMMER zainstalowany jest na klastrze Nova w wersji 2.3.2 i 3.0. Polecenia programu dostępne są w lokalizacjach:

 nova> ls /usr/local/hmmer-3.0/bin/

 hmmalign*  hmmbuild*  hmmconvert*  hmmemit* 
 hmmfetch*  hmmpress*  hmmscan*  hmmsearch* 
 hmmsim*  hmmstat*  jackhmmer*  phmmer*

 nova> ls /usr/local/hmmer-2.3.2/bin/
 hmmalign*  hmmbuild*  hmmcalibrate*  hmmconvert*  
 hmmemit*  hmmfetch*  hmmindex*  hmmpfam*  hmmsearch*

Obliczenia równoległe

W wersji równoległej hmmbuild, hmmsearch, hmmscan, phmmer i jackhmmer korzysta z bibliotek pthread lub MVAPICH 1.0.1.

• Wątki - liczbę rdzeni w obliczeniach wielowątkowych można kontrolować opcją --cpu <N> lub ustawiając wartość zmiennej środowiskowej HMMER_NCPU. Przy ustawieniu --cpu 1 program uruchomi jeden proces obliczeniowy i drugi do obsługi m in. operacji we/wy. Aby uruchomić obliczenia w pełni sekwencyjne należy podać opcję --cpu 0.
• MPI - aby uruchomić programy w trybie MPI należy skorzystać z polecenia mpiexec i podać opcję wywołania programu --mpi. Bez podania opcji --mpi program uruchomi się niepoprawnie - nie należy tego robić.

Dokumentacja

1. Opis wg strony domowej HMMER.
2. Podręcznik użytkownika v.3.0 (PDF).