NWChem

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < NWChem

NWChem
Serwer	Wersja
Bem	6.5
Kontakt
kdm@wcss.pl

NWCHEM jest pakietem do obliczeń metodą ab initio w dziedzinie chemii molekuralnej. Program rozwijany jest przez Molecular Sciences Software group of the Environmental Molecular Sciences Laboratory (EMSL) w Pacific Northwest National Laboratory (PNNL).

Korzystanie z pakietu w WCSS

Na klastrze Bem zainstalowana jest wersja 6.5 (lokalizacja /usr/local/nwchem/)

Wstawianie zadań do kolejki

Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.

Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-nwchem (uruchamia domyślną wersję programu)

Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:

> sub-nwchem
Usage: /usr/local/bin/sub-nwchem input_file [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (per node, default - 1)
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504

Na przykład

> sub-nwchem test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2 

Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.

Uwaga

Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).

Zobacz też: Jak korzystać z kolejek PBS?

Plik wejściowy

Poniżej znajduje się przykładowy plik wejściowy do obliczeń programem NWChem (dla Fe(CO)5).

start feco5
# Fe(CO)5

geometry units au
  symmetry group d3h

  fe 0.0 0.0 0.0

  c 0.0 0.0 3.414358
  o 0.0 0.0 5.591323

  c 2.4417087 2.4417087 0.0
  o 3.9810552 3.9810552 0.0
end

basis
  fe library 3-21g
  o  library 3-21g
  c  library 3-21g
end

basis "cd basis"
  o library "DGauss A1 DFT Coulomb Fitting"
  c library "DGauss A1 DFT Coulomb Fitting"
 fe library "DGauss A1 DFT Coulomb Fitting"
end

dft
  xc becke88 lyp
end

task dft

Informacje o wykorzystaniu

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Dokumentacja

• Strona domowa pakietu NWChem
• Podręcznik użytkownika NWChem

Zobacz też: Oprogramowanie KDM