CRYSTAL: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
m
 
(Nie pokazano 16 wersji utworzonych przez 7 użytkowników)
Linia 1: Linia 1:
== CRYSTAL09 ==
+
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < CRYSTAL</small>
 +
{{aplikacja|nazwa=Crystal|logo=[[Plik:crystal09.png|noframe|center]] |serwer=[[Bem]]|wersja=CRYSTAL09 2.0.1|wersja2=CRYSTAL17 1.0.2}}
 +
'''CRYSTAL''' - program do przewidywania właściwości kryształów. Od wypuszczenia na rynek w 1988 roku ukazało się siedem wersji: CRYSTAL92,  CRYSTAL95, CRYSTAL98, CRYSTAL03, CRYSTAL06, CRYSTAL09 oraz CRYSTAL17. Najnowsza wersja programu zainstalowana jest w WCSS na klastrze [[Bem]].
  
CRYSTAL jest pierwszym dystrubuowanym publicznie programem do przewidywania
+
Aplikacja pozwala na wyznaczenie struktury elektronowej układów periodycznych takimi metodami jak: metoda Hartree-Fock`a, metody wychodzące poza przybliżenie cząstek niezależnych (projekt CRYSCOR- MP2) oraz metodami bazującymi na teorii funkcjonału gęstości (DFT).
właściwości kryształów. Od wypuszczenia na rynek w 1988 roku ukazało
 
się sześć wersji : CRYSTAL92, CRYSTAL95, CRYSTAL98, CRYSTAL03, CRYSTAL06 oraz
 
CRYSTAL09 zainstalowany w WCSS na klastrze SUPERNOVA.
 
  
Aplikacja liczy elektronową strukturę układów periodycznych
+
CRYSTAL przewiduje właściwości cząsteczek, polimerów, powierzchni oraz kryształów. Liczy m.in.:
metodami: Hartree-Fock`a, DFT oraz metodami hybrydowymi.  
+
* widma wibracyjne,
 +
* strukturę elektronową,
 +
* właściwości magnetyczne,
 +
* właściwości dielektryczne.
  
CRYSTAL przewiduje właściwości cząsteczek, polimerów, powierzchnii oraz
+
'''Uruchamianie na klastrze [[Bem]]'''
kryształów. Liczy m.in.:
 
* widma wibracyjne
 
* strukturę elektronową
 
* właściwości magnetyczne
 
* właściwości dielektryczne
 
* sprężystość
 
  
'''Uruchamianie na klastrze SUPERNOVA'''
+
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.
  
Zaleca się korzystanie z wersji zrównoleglonej CRYSTAL09, PCRYSTAL09.
+
Do wstawiania zadań równoległych do systemu kolejkowego służy polecenie sub-crystal17-1.0.2
  sub-PCRYSTAL09 plik_danych liczba_rdzeni pamiec_w_MB_na_rdzen [kolejka]
+
 
 +
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:
 +
 
 +
sub-crystal17-1.0.2
 +
 +
Usage: /usr/local/bin/sub-crystal17-1.0.2 input_file [parameters]
 +
Parameters:
 +
-q queue (default - main)
 +
-n nodes (default - 1)
 +
-p cores (per node, default - 1)
 +
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
 +
-w walltime (in hours, default - 504)
 +
-s scrdir (scratch dir location, ONLY FOR ADVANCED USERS)
 +
 +
Na przykład
 +
 
 +
sub-crystal17-1.0.2 test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2
 +
 
 +
Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.
 +
 
 +
'''Informacje o wykorzystaniu'''
 +
 
 +
{{Podziękowanie_WCSS}}
 +
 
 +
; Zobacz też:
 +
* [http://www.crystalsolutions.eu/ Strona domowa pakietu]
 +
* [http://tutorials.crystalsolutions.eu/ Tutorial CRYSTAL17]
 +
* [https://www.crystal.unito.it/Manuals/crystal17.pdf Dokumentacja CRYSTAL17]
 +
* [https://wires.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/wcms.1360 Dovesi i in., „Quantum-Mechanical Condensed Matter Simulations with CRYSTAL”.]
 +
 
 +
{{Oprogramowanie}}
 +
[[Kategoria:Oprogramowanie]]

Aktualna wersja na dzień 12:04, 10 gru 2021

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < CRYSTAL

Crystal
noframe
Serwer Wersja
Bem CRYSTAL09 2.0.1
CRYSTAL17 1.0.2
Kontakt
kdm@wcss.pl

CRYSTAL - program do przewidywania właściwości kryształów. Od wypuszczenia na rynek w 1988 roku ukazało się siedem wersji: CRYSTAL92, CRYSTAL95, CRYSTAL98, CRYSTAL03, CRYSTAL06, CRYSTAL09 oraz CRYSTAL17. Najnowsza wersja programu zainstalowana jest w WCSS na klastrze Bem.

Aplikacja pozwala na wyznaczenie struktury elektronowej układów periodycznych takimi metodami jak: metoda Hartree-Fock`a, metody wychodzące poza przybliżenie cząstek niezależnych (projekt CRYSCOR- MP2) oraz metodami bazującymi na teorii funkcjonału gęstości (DFT).

CRYSTAL przewiduje właściwości cząsteczek, polimerów, powierzchni oraz kryształów. Liczy m.in.:

  • widma wibracyjne,
  • strukturę elektronową,
  • właściwości magnetyczne,
  • właściwości dielektryczne.

Uruchamianie na klastrze Bem

Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.

Do wstawiania zadań równoległych do systemu kolejkowego służy polecenie sub-crystal17-1.0.2

Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:

sub-crystal17-1.0.2

Usage: /usr/local/bin/sub-crystal17-1.0.2 input_file [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (per node, default - 1)
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)
-s scrdir (scratch dir location, ONLY FOR ADVANCED USERS)

Na przykład

sub-crystal17-1.0.2 test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2 

Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.

Informacje o wykorzystaniu

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Zobacz też