LAMMPS: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
Linia 12: Linia 12:
 
Zadania obliczeniowe należy wstawiać do jednej z [[jak korzystać z kolejek PBS|kolejek systemu PBS]]. Można w tym celu skorzystać z gotowego skryptu. Służy do tego polecenie:
 
Zadania obliczeniowe należy wstawiać do jednej z [[jak korzystać z kolejek PBS|kolejek systemu PBS]]. Można w tym celu skorzystać z gotowego skryptu. Służy do tego polecenie:
  
  > '''sub-lammps''' in.plik [kolejka] [liczba węzłów] [liczba rdzeni] [pamięć w MB]
+
  > '''sub-lammps''' in.plik kolejka liczba_węzłów liczba_rdzeni pamięć_w_MB
  
 
=== Praca w trybie interaktywnym ===
 
=== Praca w trybie interaktywnym ===

Wersja z 08:16, 10 lut 2015

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < LAMMPS

LAMMPS
Serwer Wersja
Supernova LAMMPS 20140201
Kontakt
kdm@wcss.pl

LAMMPS (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) - oprogramowanie służące do symulacji dynamiki molekularnej.

Licencja

Pakiet jest darmowy, rozpowszechniany na licencji GNU GPL.

Informacje o wykorzystaniu

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

LAMMPS w WCSS

Wstawianie zadań do kolejki

Zadania obliczeniowe należy wstawiać do jednej z kolejek systemu PBS. Można w tym celu skorzystać z gotowego skryptu. Służy do tego polecenie:

> sub-lammps in.plik kolejka liczba_węzłów liczba_rdzeni pamięć_w_MB

Praca w trybie interaktywnym

Praca z pakietem w trybie interaktywnym jest możliwa po uruchomieniu zadania interaktywnego:

> qsub -I 

Środowisko programu inicjalizowane jest w powłoce przez polecenie:

> module load lammps/20140201

Po ustawieniu środowiska można korzystać z polecenia do uruchamiania programu:

> lmp_wcss <in.plik

lub

> mpirun -np x lmp_wcss <in.plik

gdzie:

  • x - liczba zrównoleglanych procesów
  • in.plik - plik inputowy


Zobacz też