Biovia

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Accelrys

Accelrys
Serwery
Supernova, Leo
Pakiety
Materials Studio Discovery Studio
Kontakt
admin@kdm.wcss.wroc.pl

Accelrys (do 1 czerwca 2001 MSI, Molecular Simulations Inc.) - firma będąca jednym z największych dostawców oprogramowania naukowego z dziedziny modelowania molekularnego. Udostępnia oprogramowanie na platformy UNIX oraz PC/Windows.

Niektóre z dostępnych pakietów: Materials Studio (np. CASTEP), Discovery Studio (np. Charmm).

Spadkowe produkty, które nie są już rozwijane: Insight II, Cerius2, Catalyst po wycofaniu z użytku komputera Tezro nie są już dostępne w WCSS. Quanta została wycofana ze sprzedaży.

Licencja krajowa

Zasady korzystania

Krajową licencję na produkty firmy Accelrys udostępnia ICM. Na okres 2011.10.01-2012.09.29 wykupionych jest 80 żetonów (dla MS i DS). Dalsze informacje o licencji na rok akademicki 2011/2012 są dostępne na stronie:

• http://www.icm.edu.pl/kdm/Accelrys:_NoweZasady1112

Użytkownicy WCSS mogą w danym momencie wykorzystywać łącznie 24 żetony, dlatego przed rozpoczęciem dużych obliczeń (powyżej 10 żetonów) proszę się skontaktować z administratorami WCSS. Z akademickiej licencji krajowej mogą korzystać w WCSS zespoły badawcze (kierownik może włączyć do zespołu np. zaawansowanego studenta). Licencja krajowa umożliwia także korzystanie z oprogramowania do zajęć dydaktycznych - pozwala na uruchomienie 11 kopii tego samego modułu. Prowadzący zajęcia powinni skontaktować się z ICM i ustalić harmonogram zajęć. Do celów edukacyjnych WCSS udostępnia tylko komputer Leo.

Obowiązkowa ankieta

Osoby, które korzystają z oprogramowania Accelrys zobowiązane są do wypełnienia ankiety, dostępnej on-line na stronach ICM: Ankieta uczestnika licencji krajowej oprogramowania Accelrys.

Informacja o wykorzystaniu

Uprzejmie przypominamy o konieczności zamieszczania w artykułach informacji o wykorzystaniu krajowej licencji Accelrys. Oryginalne sformułowanie umowy brzmi:

"To acknowledge use of the country-wide license in every scientific paper where the software in the Country wide license is used".

Uprzejmie przypominamy, że do końca stycznia każdego roku kierownicy grantów powinni dostarczyć do WCSS sprawozdania, w tym kopie artykułów, w których wykorzystano oprogramowanie Accelrys lub wyjaśnienie dlaczego, mimo wykorzystania licencji, takie publikacje nie powstały.

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Korzystanie w WCSS

W WCSS pakiety firmy Accelrys dostępne są na klastrze Supernova. Aby praca z pakietami była możliwa (zarówno zdalna jak i lokalna) muszą być spełnione dwa podstawowe warunki:

1. Połączenie sieciowe między klastrem Supernova a serwerem licencji w ICM (Warszawa) jest aktywne.
2. Dostępna jest dostateczna liczba żetonów (ang. token) do uruchomienia pakietu/modułu.

Wstawianie zadań do kolejki

Zadania należy uruchamiać w kolejkach systemu kolejkowego PBS. Do uruchomienia zadań wsadowych należy posłużyć się poleceniem qsub, bliżej omówionym w artykule "Jak korzystać z kolejek PBS".

Dokumentacja

• Webinaria - http://accelrys.com/events/webinars/ - strona z Webinariami (~ 45 min - 1 h), pogrupowanymi tematycznie, można dotrzeć do przeprowadzonych już seminariów, po wybraniu konkretnego kursu i wypełnieniu formularza rejestracyjnego (nie ma ograniczeń dostępu) otrzymuje się na podany adres email link do pobrania wideo z nagraniem prezentacji, wraz z komentarzem (np. DS 3.1).
• Trainings - http://accelrys.com/services/training/index.html - strona z planowanymi kursami, które mogą odbyć się on-line (ok. 1-3 h) lub w miejscu (~ 1 dzień).
  • Discovery Studio - http://accelrys.com/services/training/life-science/index.html
  • Materials Studio - http://accelrys.com/services/training/materials-science/index.html
• Tutorials - tutoriale dostępne on-line do każdego z modułów DS, z praktycznymi przykładami. Wymagają wcześniejszego założenia konta w portalu Accelrysa i zalogowania się na to konto.

• Strona główna firmy Accelrys
• Biuletyn Accelrys eFlash
• Strona Accelrysa w ICM
• Informacje o licencji krajowej
• Ankieta uczestnika licencji krajowej oprogramowania Accelrys

Zobacz też: Oprogramowanie KDM

Oprogramowanie naukowe	Biovia	Discovery Studio ⋅ Materials Studio [ CASTEP ]