CASTEP: Różnice pomiędzy wersjami
Przejdź do nawigacji
Przejdź do wyszukiwania
m (-leo) |
m |
||
| Linia 7: | Linia 7: | ||
* Skrypt może zostać wygenerowany automatycznie przy użyciu klienta (np. v.4.4) pod Windows. | * Skrypt może zostać wygenerowany automatycznie przy użyciu klienta (np. v.4.4) pod Windows. | ||
| − | * Pliki z danymi zostały umieszczone w katalogu <code>/scratch/$USER/zadanie1</code>. | + | * Pliki z danymi zostały umieszczone w katalogu <code>/lustre/scratch/$USER/zadanie1</code>. |
<pre> | <pre> | ||
#!/bin/sh -f | #!/bin/sh -f | ||
| Linia 16: | Linia 16: | ||
fi | fi | ||
| − | JOB_SCRATCH=/scratch/$USER/zadanie1 | + | JOB_SCRATCH=/lustre/scratch/$USER/zadanie1 |
PBS_TMPDIR="$TMPDIR" | PBS_TMPDIR="$TMPDIR" | ||
TMPDIR="$JOB_SCRATCH/tmp" | TMPDIR="$JOB_SCRATCH/tmp" | ||
Wersja z 08:25, 14 sty 2014
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie naukowe < Accelrys < Materials Studio < CASTEP
| CASTEP (Materials Studio) | |
|---|---|
| |
| Serwer | Wersja |
| Supernova (+ Gateway) | 6.0 |
| Kontakt | |
| kdm@wcss.pl | |
CASTEP jest dostępny na klastrze Supernova w ramach licencji krajowej na pakiet Materials Studio.
Uruchamiane aplikacji
Przykładowe uruchomienie zadania wsadowego w programie CASTEP
- Skrypt może zostać wygenerowany automatycznie przy użyciu klienta (np. v.4.4) pod Windows.
- Pliki z danymi zostały umieszczone w katalogu
/lustre/scratch/$USER/zadanie1.
#!/bin/sh -f
if [ -f /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio44/share/bin/ms_setup.sh ]; then
eval `/usr/local/Accelrys/MaterialsStudio44/share/bin/ms_setup.sh \
/usr/local/Accelrys/MaterialsStudio44/ -s sh`
fi
JOB_SCRATCH=/lustre/scratch/$USER/zadanie1
PBS_TMPDIR="$TMPDIR"
TMPDIR="$JOB_SCRATCH/tmp"
export PBS_TMPDIR TMPDIR
cd $JOB_SCRATCH
mkdir -p $TMPDIR
/usr/local/Accelrys/MaterialsStudio44/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh zadanie1 2> std_err.txt
Skrypt należy zapisać w pliku (np. skrypt.sh) i wstawić do kolejki poleceniem:
qsub -V -N ''nazwa_zadania'' -q ''nazwa_kolejki'' skrypt.sh
Pliki wejściowe, czyli zadanie1.cell oraz zadanie1.param należy umieścić w katalogu /scratch/$USER/zadanie1.
Literatura
| Oprogramowanie naukowe |
Biovia | Discovery Studio ⋅ Materials Studio [ CASTEP ] |
|---|
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|