Discovery Studio

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Accelrys < Discovery Studio

Discovery Studio
Serwer	Wersja
Klaster kampusowy	3.5
Do samodzielnej instalacji	3.5
Kontakt
kdm@wcss.pl

Discovery Studio - oprogramowanie firmy Accelrys. Pakiet jest wykorzystywany do obliczeń w dziedzinach takich jak: chemia, biologia oraz innych naukach zaangażowanych w badanie małych cząstek, takich jak bioterapeutyki. Program umożliwia modelowanie i symulowanie takich cząstek.

Licencja

WCSS uczestniczy w licencji krajowej 2012/2013 koordynowanej przez ICM (zobacz: Accelrys). Pakiet zawiera moduły:

DS ADMET DS TOPKAT DS QSAR+ Bundle DS Library Design DS NNet Component DS Catalyst DB Build DS Catalyst DB Search DS Catalyst Hypothesis DS Catalyst SBP DS Catalyst Score DS Catalyst Shape DS De Novo Ligand Builder DS Catalyst Conformation

DS CFF DS De Novo Evolution DS Flexible Docking DS LibDock DS LigandFit DS LigandScore DS Ludi DS Analysis DS Biopolymer DS CHARMm DS Protein Refine DS MODELER DS Protein Families

DS Protein Health DS Sequence Analysis DS Standalone DS Client DS Vamp Descriptors Component DS DMOL3 Descriptors Component DS MMFF DS DMOL3 Molecular DS Quantum DS Protein Docking DS MCSS

Informacja o wykorzystaniu

Uprzejmie przypominamy o konieczności zamieszczania w publikacjach informacji o wykorzystaniu krajowej licencji Accelrys.

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Uruchamianie aplikacji

Instalacja na swoim komputerze

Użytkownicy KDM mają możliwość zainstalowania i korzystania z pakietu na swoim komputerze. Aby uzyskać dostęp do licencji i wersji instalacyjnej oprogramowania należy zarejestrować się jako użytkownik KDM WCSS, przesłać adres IP swojego komputera i aktualne dane kontaktowe pod adres kdm @ wcss.pl. Można podać dwa adresy IP - w pracy i w domu, przy czym muszą to być adresy statyczne.

!	Serwer Discovery Studio jest instalowany i zarządzany poprzez instalator środowiska Pipeline Pilot. W celu zainstalowania pełnej wersji DS (klient+serwer) należy skorzystać z instalatora środowiska PP v. 8.5.

Obliczenia na infrastrukturze PLATON-U3

Na infrastrukturze PLATON-U3 (klaster kampusowy) dostępna jest pełna instalacja Discovery Studio (środowisko PP, klient DS, serwer DS) oraz dodatkowe biblioteki: PDB, Swiss-Pro, UniRef90 i NRDB. W celu skorzystania z aplikacji należy zarejestrować się jako użytkownik Platon-U3 w WCSS na stronie usługi (https://wcss.cloud.pionier.net.pl) i następnie założyć rezerwację na maszynę wirtualną z Discovery Studio. Po uzyskaniu dostępu do maszyny wirtualnej i uruchomieniu aplikacji można zlecać obliczenia.

Sposób zakładania rezerwacji i korzystania z aplikacji na klastrze kampusowym jest opisany na stronie infrastruktury PLATON U3.

Dokumentacja

• Strona pakietu w serwisie Accelrys
• Webinaria z DS
• Tutorials - tutoriale dostępne on-line do każdego z modułów DS, z praktycznymi przykładami. Wymagają wcześniejszego założenia konta w portalu Accelrysa i zalogowania się na to konto.

Oprogramowanie naukowe	Biovia	Discovery Studio ⋅ Materials Studio [ CASTEP ]