Amber: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
 
(Nie pokazano 30 wersji utworzonych przez 3 użytkowników)
Linia 1: Linia 1:
−
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small>
+
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Amber</small>
−
{{zasobytab|logo= |serwery=[[Nova]]}}
+
{{aplikacja|nazwa=Amber|logo=|serwer=[[Bem]]|wersja=AmberTools18|wersja2='''Amber14'''}}
 +
'''Amber''' - grupa narzędzi do modelowania molekularnego, stosowanych głównie w przypadku makromolekuł biologicznych. W skład pakietu wchodzą pola siłowe Amber (z których korzysta wiele aplikacji liczących dynamikę molekularną), program Amber 11 oraz narzędzia AmberTools. Pakietu AmberTools można używać niezależnie, natomiast do użycia programu Amber 11 wymagana jest instalacja AmberTools.
  
−
'''Amber'''
+
== Licencja ==
−
Termin AMBER w kontekście modelowania molekularnego nawiązuje do dwóch rzeczy.
+
* Pola siłowe Amber znajdują się w domenie publicznej.
−
Pierwsza, pola siłowe AMBER, z którch korzysta wiele aplikacji liczących dynamikę molekularną.
+
* AmberTools udostępniany jest jako open source. Większość kodu jest na wolnej licencji GNU GPL v.3, za wyjątkiem netcdf (własna wolna licencja), reduce (własna wolna licencja), lapak i blas (domena publiczna), arpack (BSD), ucpp (BSD-style).
−
Druga to grupa narzędzi do modelowania molekularnego, stosowana głównie w przypadku makromolekuł biologicznych. W skład AMBER wchodzą AMBER11 oraz AmberTools.Pakietu AmberTools można używać niezależnie. Odwrotna sytuacja nie jest możliwa, AMBER11 wymaga instalacji AmberTools.
+
* Amber 14 sprzedawany jest na zasadach określonych w "Amber 14 License Agreement", przy czym biblioteka "ncsu-rmsd.f" jest udostępniana na licencji GNU LGPL.
  
−
W skład AMBER11 wchodzi około 50 programów, z którch najczęśćiej używane to:
+
=== Informacje o wykorzystaniu ===
−
*sander - podstawowy program pakietu AMBER11, wersja szeregowa, do przeprowadzania dynamiki molekularnej, liczenia PMF
+
{{Podziękowanie_WCSS}}
−
*pmemd - zmodyfikowana wersja programu "sander", zoptymalizowana pod względem zrównoleglenia, w *AMBER od wersji 11 możliwość korzystania z akceleracji obliczeń przez GPU
 
−
nmode - program do minimalizacji funkcji energii potencjalnej układu, przeprowadzania analiz wibracyjnych, poszukiwania stanów przejściowych
 
−
*LEaP - interfejs graficzny do tworzenia plików parametrów, topologii, .xyz molekuł
 
−
*antechamber -
 
−
*ptraj - narzędzie do analizy wyników wyników
 
−
mm_pbsa - narzędzie do przetwarzania trajektorii dynamiki molekularnej
 
  
 +
== Funkcjonalności ==
 +
W skład '''Amber 14''' wchodzi około 50 programów, z których najczęściej używane to:
 +
* sander - podstawowy program pakietu Amber14, wersja szeregowa, do przeprowadzania dynamiki molekularnej, liczenia PMF.
 +
* pmemd - zmodyfikowana, zrównoleglona wersja programu <code>sander</code>. W Amber od wersji 11 zaimplementowano możliwość korzystania z akceleracji obliczeń na GPU.
 +
* nmode - program do minimalizacji funkcji energii potencjalnej układu, przeprowadzania analiz wibracyjnych, poszukiwania stanów przejściowych.
 +
* LEaP - interfejs graficzny do tworzenia plików parametrów, topologii, plików z koordynatami (.xyz) molekuł.
 +
* antechamber - automatyzuje przygotowanie parametrów dla małych cząsteczek.
 +
* ptraj - narzędzie do numerycznej analizy wyników .
 +
* mm_pbsa - narzędzie do przetwarzania trajektorii dynamiki molekularnej.
 +
 +
Na '''AmberTools''' (w. 1.5) składa się zestaw narzędzi:
 +
* NAB
 +
* antechamber i MCPB
 +
* tleap i sleap - przygotowanie symulacji dla Ambera
 +
* sqm
 +
* pbsa
 +
* 3D-RISM
 +
* ptraj i cpptraj
 +
* MMPBSA.py i amberlite
 +
 +
== Korzystanie w WCSS ==
 +
Amber 14 dostępny jest na klastrze [[bem]] w katalogu <code> /usr/local/amber/intel-15.0/14/</code> w wersji sekwencyjnej i równoległej. Zrównoleglone są narzędzia: pmemd.MPI, sander.MPI, sander.LES.MPI.
 +
 +
=== Praca w trybie interaktywnym ===
 +
Praca z pakietem w trybie interaktywnym jest możliwa po uruchomieniu zadania interaktywnego, np:
 +
> qsub -I -l -l walltime=06:00:00 -l software=Amber
 +
 +
Środowisko programu inicjalizowane jest w powłoce przez polecenie:
 +
> module load amber (dla wersji domyślnej - najnowszej)
 +
> module load amber/14-intel15.0
 +
 +
=== Uruchamianie zadań w kolejce własnym skryptem ===
 +
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem [[system kolejkowy|systemu kolejkowego]].
 +
 +
Można stworzyć samodzielnie skrypt, np. o nazwie <code>amber.sh</code>, przykład:
 +
#!/bin/bash
 +
module load amber
 +
CURDIR=`pwd`
 +
mkdir $TMPDIR/katalog-zadania
 +
cd $TMPDIR/katalog-zadania
 +
cp $CURDIR/* .
 +
 +
# wywołanie aplikacji sander, zmienna ustawiana przez moduł
 +
$SANDER_RUN [opcje] 
 +
cd $TMPDIR
 +
tar cvf $TMPDIR/katalog-zadania.tar $TMPDIR/katalog-zadania
 +
cp $TMPDIR/katalog-zadania.tar $CURDIR
 +
rm -rf $TMPDIR/katalog-zadania
 +
 +
Nadać skryptowi prawa wykonywania:
 +
> chmod +x amber.sh
 +
 +
Wstawić skrypt do kolejki PBS:
 +
> qsub -N amber_01 -q main -l walltime=06:00:00 -l software=Amber -l select=1:ncpus=1 ./amber.sh
 +
 +
Skrypt z podaniem rozmiaru pamięci RAM dla zadania:
 +
> qsub -N amber_01 -q main -l walltime=06:00:00 -l software=Amber -l select=1:ncpus=1:mem=2gb ./amber.sh
 +
 +
Obliczenia równoległe:
 +
> qsub -N amber_01 --q main -l walltime=06:00:00 -l software=Amber -l select=1:ncpus=2:mpiprocs=2:mem=4gb ./amber.sh
 +
 +
== Dokumentacja ==
 +
* [http://ambermd.org/doc11/Amber11.pdf Amber 11 Users' Manual]
 +
* [http://ambermd.org/doc11/AmberTools.pdf AmberTools 1.5 Users' Manual]
 
* [http://ambermd.org/ Strona domowa pakietu]
 
* [http://ambermd.org/ Strona domowa pakietu]
 +
  
 
{{Oprogramowanie}}
 
{{Oprogramowanie}}
 
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
 
[[Kategoria:Oprogramowanie]]

Aktualna wersja na dzień 09:30, 5 wrz 2018

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Amber

Amber
Serwer Wersja
Bem AmberTools18
Amber14
Kontakt
kdm@wcss.pl

Amber - grupa narzędzi do modelowania molekularnego, stosowanych głównie w przypadku makromolekuł biologicznych. W skład pakietu wchodzą pola siłowe Amber (z których korzysta wiele aplikacji liczących dynamikę molekularną), program Amber 11 oraz narzędzia AmberTools. Pakietu AmberTools można używać niezależnie, natomiast do użycia programu Amber 11 wymagana jest instalacja AmberTools.

Licencja

  • Pola siłowe Amber znajdują się w domenie publicznej.
  • AmberTools udostępniany jest jako open source. Większość kodu jest na wolnej licencji GNU GPL v.3, za wyjątkiem netcdf (własna wolna licencja), reduce (własna wolna licencja), lapak i blas (domena publiczna), arpack (BSD), ucpp (BSD-style).
  • Amber 14 sprzedawany jest na zasadach określonych w "Amber 14 License Agreement", przy czym biblioteka "ncsu-rmsd.f" jest udostępniana na licencji GNU LGPL.

Informacje o wykorzystaniu

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Funkcjonalności

W skład Amber 14 wchodzi około 50 programów, z których najczęściej używane to:

  • sander - podstawowy program pakietu Amber14, wersja szeregowa, do przeprowadzania dynamiki molekularnej, liczenia PMF.
  • pmemd - zmodyfikowana, zrównoleglona wersja programu sander. W Amber od wersji 11 zaimplementowano możliwość korzystania z akceleracji obliczeń na GPU.
  • nmode - program do minimalizacji funkcji energii potencjalnej układu, przeprowadzania analiz wibracyjnych, poszukiwania stanów przejściowych.
  • LEaP - interfejs graficzny do tworzenia plików parametrów, topologii, plików z koordynatami (.xyz) molekuł.
  • antechamber - automatyzuje przygotowanie parametrów dla małych cząsteczek.
  • ptraj - narzędzie do numerycznej analizy wyników .
  • mm_pbsa - narzędzie do przetwarzania trajektorii dynamiki molekularnej.

Na AmberTools (w. 1.5) składa się zestaw narzędzi:

  • NAB
  • antechamber i MCPB
  • tleap i sleap - przygotowanie symulacji dla Ambera
  • sqm
  • pbsa
  • 3D-RISM
  • ptraj i cpptraj
  • MMPBSA.py i amberlite

Korzystanie w WCSS

Amber 14 dostępny jest na klastrze bem w katalogu /usr/local/amber/intel-15.0/14/ w wersji sekwencyjnej i równoległej. Zrównoleglone są narzędzia: pmemd.MPI, sander.MPI, sander.LES.MPI.

Praca w trybie interaktywnym

Praca z pakietem w trybie interaktywnym jest możliwa po uruchomieniu zadania interaktywnego, np: 

> qsub -I -l -l walltime=06:00:00 -l software=Amber

Środowisko programu inicjalizowane jest w powłoce przez polecenie: 

> module load amber (dla wersji domyślnej - najnowszej)
> module load amber/14-intel15.0

Uruchamianie zadań w kolejce własnym skryptem

Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.

Można stworzyć samodzielnie skrypt, np. o nazwie amber.sh, przykład: 

#!/bin/bash
module load amber
CURDIR=`pwd`
mkdir $TMPDIR/katalog-zadania
cd $TMPDIR/katalog-zadania
cp $CURDIR/* .

# wywołanie aplikacji sander, zmienna ustawiana przez moduł
$SANDER_RUN [opcje]  
cd $TMPDIR
tar cvf $TMPDIR/katalog-zadania.tar $TMPDIR/katalog-zadania
cp $TMPDIR/katalog-zadania.tar $CURDIR
rm -rf $TMPDIR/katalog-zadania

Nadać skryptowi prawa wykonywania: 

> chmod +x amber.sh

Wstawić skrypt do kolejki PBS: 

> qsub -N amber_01 -q main -l walltime=06:00:00 -l software=Amber -l select=1:ncpus=1 ./amber.sh

Skrypt z podaniem rozmiaru pamięci RAM dla zadania: 

> qsub -N amber_01 -q main -l walltime=06:00:00 -l software=Amber -l select=1:ncpus=1:mem=2gb ./amber.sh

Obliczenia równoległe: 

> qsub -N amber_01 --q main -l walltime=06:00:00 -l software=Amber -l select=1:ncpus=2:mpiprocs=2:mem=4gb ./amber.sh

Dokumentacja


Oprogramowanie
naukowe 		Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD:  Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k


Źródło: „https://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Amber&oldid=5868”