SPRKKR: Różnice pomiędzy wersjami

Aktualna wersja na dzień 13:23, 31 sty 2020

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < SPRKKR

SPRKKR

Serwer	Wersja
Bem	7.7.3
Kontakt
kdm@wcss.pl

SPRKKR (A spin polarized relativistic Korringa-Kohn-Rostoker (SPR-KKR) code for Calculating Solid State Properties )

Uruchamianie obliczeń w zadaniu interaktywnym

Aby uruchomić oprogramowanie należy albo rozpocząć zadanie interaktywne, np.:

qsub -I -l walltime=01:00:00 -l select=1:ncpus=1:mem=2048MB -l software=SPRKKR

następnie załadować moduł:

module load SPRKKR/7.7.3

Należy przejść do katalogu gdzie znajduje się plik .inp, ponieważ potrzebny jest także plik .pot, który nie ma podanej bezwględnej ścieżki w pliku .inp i w przeciwnym wypadku nie zostałby znaleziony. Czyli:

cd ~/katalog_z_plikiem_inp

oraz nadać plikom wejściowym uprawnienia do wykonywania:

chmod +x nazwa_pliku

Teraz można już wywołać program przesyłając na standardowe wejście plik .inp:

kkrscf7.7.3 < plik.inp

obliczenia rozpoczną się i zostaną wypisane na ekran. Można także przekierować standardowe wyjście do pliku np.:

kkrscf7.7.3 < plik.inp > plik_wyjsciowy

Analogicznie należy postępować z kkrgen7.7.3.

Uruchamianie obliczeń na podstawie skryptu

Możliwe jest uruchomienie obliczeń przy pomocy skryptu sub-kkrscf-7.7.3 oraz sub-kkrgen-7.7.3 bez uruchamiania zadania interaktywnego. W tym celu należy również przejść do katalogu, w którym znajdują się pliki wejściowe. Następnie wywołać np.

sub-kkrscf-7.7.3 plikwejsciowy.inp

lub

sub-kkrgen-7.7.3 plikwejsciowy.inp

Zadanie zostanie zakolejkowane w systemie PBS, a pliki wyjściowe wygenerują się w bieżącym katalogu.

Dodatkowe informacje o użyciu skryptu można uzyskać wywołując polecenie parametrów, np. wywołując:

sub-kkrscf-7.7.3

wyświetlone zostanie:

Usage: /usr/local/bin/sub-kkrscf-7.7.3 input_file [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (default - 1)
-m memory (in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)

XBAND

Program pomocniczy GUI do tworzenia plików wejściowych.

Należy uruchomić go po zalogowaniu się na UI z przekierowaniem wyświetlania, w systemie Linux należy wywołać w terminalu polecenie:

ssh -X login@ui.wcss.pl

następnie załadować moduł:

module load xband/6.3

i wywołać program:

xband

Program w wersji graficznej się uruchomi.

Można także skorzystać także z klienta NoMachine lub z klienta PuTTy z przekierowaniem wyświetlania.

Po zalogowaniu się do zdalnego pulpitu należy uruchomić Terminal i także załadować moduł

module load xband/6.3

i wywołać program:

xband

Należy w środowisku graficznym jedynie generować pliki wejściowe, a później zlecać je, jak na początku opisu, w zadaniu interaktywnym lub przez skrypt sub-kkrscf-7.7.3 (sub-kkrgen-7.7.3).

Informacje o wykorzystaniu

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

SPRKKR w sieci

Zobacz też: Oprogramowanie KDM

Oprogramowanie
naukowe

Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k

@@ Linia 1: / Linia 1: @@
 <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < SPRKKR</small>
-{{aplikacja|nazwa=SPRKKR|serwer=[[Bem]]|wersja=7.7.3}}
+{{aplikacja|nazwa=SPRKKR|serwer=[[Bem]]|wersja='''7.7.3'''}}
 '''SPRKKR''' (''A spin polarized relativistic Korringa-Kohn-Rostoker (SPR-KKR) code
 for Calculating Solid State Properties '')
@@ Linia 43: / Linia 43: @@
 Zadanie zostanie zakolejkowane w systemie PBS, a pliki wyjściowe wygenerują się w bieżącym katalogu.
 Dodatkowe informacje o użyciu skryptu można uzyskać wywołując polecenie parametrów, np. wywołując:
@@ Linia 58: / Linia 57: @@
   -m memory (in MB, default - 2000)
   -w walltime (in hours, default - 504)
 == XBAND ==
@@ Linia 89: / Linia 87: @@
 Należy w środowisku graficznym jedynie generować pliki wejściowe, a później zlecać je, jak na początku opisu, w zadaniu interaktywnym lub przez skrypt '''sub-kkrscf-7.7.3''' ('''sub-kkrgen-7.7.3''').
 == Informacje o wykorzystaniu ==
 {{Podziękowanie_WCSS}}
 == SPRKKR w sieci ==