Materials Studio: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
Linia 1: Linia 1:
−
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < [[Accelrys]]</small>
+
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < [[Accelrys]] < Materials Studio</small>
−
{{aplikacja|nazwa=Materials Studio|serwer=[[Supernova]] (+ Gateway)|wersja=6.0 |serwer2=[[Leo]] |wersja21=4.4 | serwer3=Do pobrania|wersja31=6.0 }}
+
{{aplikacja|logo=[[Plik:Accelrys_logo.gif|133px]] |nazwa=Materials Studio|serwer=[[Supernova]] (+ Gateway)|wersja=6.0 |serwer2=[[Leo]] |wersja21=4.4 | serwer3=Do pobrania|wersja31=6.0 }}
 
'''Materials Studio''' - oprogramowanie chemiczne do modelowania molekularnego firmy [[Accelrys]]. Materials Studio to pełne środowisko do projektowania materiałów, pracujące w architekturze klient serwer. Użytkownik tworzy zadanie obliczeniowe na komputerze klienckim (swoim pececie pracującym pod Windows) i uruchamia obliczenia na komputerze z zainstalowanym serwerem MS (może to być ten sam komputer).
 
'''Materials Studio''' - oprogramowanie chemiczne do modelowania molekularnego firmy [[Accelrys]]. Materials Studio to pełne środowisko do projektowania materiałów, pracujące w architekturze klient serwer. Użytkownik tworzy zadanie obliczeniowe na komputerze klienckim (swoim pececie pracującym pod Windows) i uruchamia obliczenia na komputerze z zainstalowanym serwerem MS (może to być ten sam komputer).
  
Linia 85: Linia 85:
  
 
=== Obliczenia wsadowe ===
 
=== Obliczenia wsadowe ===
−
Obliczenia można zlecać także w trybie wsadowym. Po zapisaniu z poziomu interfejsu klienta plików wejściowych, przekopiowaniu ich a serwer w WCSS, można zlecić obliczenia z wykorzystaniem gotowych skryptów sub-moduł (istnieją tylko dla niektórych modułów MS) lub poleceń dostępnych w katalogu instalacji (trzeba pamiętać o wstawieniu ich do jednej z kolejek PBS).  
+
Obliczenia można zlecać także w trybie wsadowym. Po zapisaniu z poziomu interfejsu klienta plików wejściowych, przekopiowaniu ich a serwer w WCSS, można zlecić obliczenia z wykorzystaniem gotowych skryptów <code>sub-moduł</code> (istnieją tylko dla niektórych modułów MS) lub poleceń dostępnych w katalogu instalacji (trzeba pamiętać o wstawieniu ich do jednej z kolejek PBS).  
  
 
;Gotowe skrypty
 
;Gotowe skrypty
−
W ścieżce /usr/local/bin znajdują się gotowe skrypty wstawiające do kolejek PBS obliczenia niektórych modułów MS:
+
W ścieżce <code>/usr/local/bin</code> znajdują się gotowe skrypty wstawiające do kolejek PBS obliczenia niektórych modułów MS:
−
  nova> sub-DMol3 nazwa_zadania liczba_rdzeni [pamiec_w_MB_na_rdzen] [kolejka]
+
  supernova> sub-DMol3 nazwa_zadania liczba_rdzeni [pamiec_w_MB_na_rdzen] [kolejka]
 
Skrypt zakłada, że w bieżącym katalogu znajduje się plik wejściowy z rozszerzeniem .input oraz wszystkie pozostałe potrzebne pliki wejściowe.
 
Skrypt zakłada, że w bieżącym katalogu znajduje się plik wejściowy z rozszerzeniem .input oraz wszystkie pozostałe potrzebne pliki wejściowe.
  
−
;Polecenia dostępne na klastrze Nova
+
;Polecenia dostępne na klastrze Supernova
  
−
  '''AmorphousCell''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/AmorphousCell/bin/RunAmorphousCell.sh nazwa_pliku
+
  '''AmorphousCell''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio60/etc/AmorphousCell/bin/RunAmorphousCell.sh nazwa_pliku
−
  '''CASTEP''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh
+
  '''CASTEP''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio6.0/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh
−
  '''DFTB+''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/DFTB/bin/RunDFTB.sh
+
  '''DFTB+''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio6.0/etc/DFTB/bin/RunDFTB.sh
−
  '''Discover''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/Discover/bin/RunDiscover.sh
+
  '''Discover''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio6.0/etc/Discover/bin/RunDiscover.sh
−
  '''Dmol3''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/DMol3/bin/RunDMol3.sh
+
  '''Dmol3''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio6.0/etc/DMol3/bin/RunDMol3.sh
−
  '''DPD''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/DPD/bin/RunDPD.sh  
+
  '''DPD''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio6.0/etc/DPD/bin/RunDPD.sh  
−
  '''Equilibria''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/Equilibria/bin/RunEquilibria.sh  
+
  '''Equilibria''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio6.0/etc/Equilibria/bin/RunEquilibria.sh  
−
  '''GULP''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/GULP/bin/RunGULP.sh  
+
  '''GULP''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio6.0/etc/GULP/bin/RunGULP.sh  
−
  '''Kinetixas''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/Kinetix/bin/RunKinetix.sh  
+
  '''Kinetixas''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio6.0/etc/Kinetix/bin/RunKinetix.sh  
−
  '''MatServer''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/MatServer/bin/RunMatServer.sh  
+
  '''MatServer''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio6.0/etc/MatServer/bin/RunMatServer.sh  
−
  '''MesoDyn''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/MesoDyn/bin/RunMesoDyn.sh  
+
  '''MesoDyn''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio6.0/etc/MesoDyn/bin/RunMesoDyn.sh  
−
  '''Mesotek''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/Mesotek/bin/RunMesotek.sh
+
  '''Mesotek''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio6.0/etc/Mesotek/bin/RunMesotek.sh
−
  '''ONETEP''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/ONETEP/bin/RunONETEP.sh  
+
  '''ONETEP''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio6.0/etc/ONETEP/bin/RunONETEP.sh  
−
  '''QMERA''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/QMERA/bin/RunQMERA.sh  
+
  '''QMERA''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio6.0/etc/QMERA/bin/RunQMERA.sh  
−
  '''VAMP''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/VAMP/bin/RunVAMP.sh
+
  '''VAMP''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio6.0/etc/VAMP/bin/RunVAMP.sh
  
  
 
;Przykład  
 
;Przykład  
−
Obliczenia można uruchomić poleceniem (przykład dla modułu QMERA):
+
Obliczenia można uruchomić poleceniem (przykład dla modułu VAMP):
  
−
  nova> echo "cd /home/$USER/<katalog_z_plikami_zadania>; /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/QMERA/bin/RunQMERA.sh <plik_wejsciowy>" | qsub -N <qmera_nazwa_zadania>
+
  supernova> /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio6.0/etc/VAMP/bin/RunVAMP.sh -q short6h filename.input
  
 
gdzie:
 
gdzie:
−
* <code>plik_wejsciowy</code> to plik z danymi do obliczeń (bez rozszerzenia, domyślne rozszerzenie to .csin),
+
* <code>filename.input</code> to plik z danymi do obliczeń,
−
* <code>/home/$USER/katalog_z_plikami_zadania</code> to katalog, w którym leży plik wejściowy i pozostałe pliki potrzebne do obliczeń,
+
* <code>-q short6h</code> to nazwa kolejki, do której zostanie wstawione zadanie.
−
* <code>qmera_nazwa_zadania</code> to nazwa zadania w systemie kolejkowym (można ustawić dowolną, ale prosimy o zawarcie w niej nazwy modułu, np. qmera, castep itp. do celów statystycznych).
 
  
 
'''Zobacz też''': [[CASTEP]]
 
'''Zobacz też''': [[CASTEP]]

Wersja z 12:28, 17 lip 2012

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Accelrys < Materials Studio

Materials Studio
Accelrys logo.gif
Serwer Wersja
Supernova (+ Gateway) 6.0
Leo 4.4
Do pobrania 6.0
Kontakt
kdm@wcss.pl

Materials Studio - oprogramowanie chemiczne do modelowania molekularnego firmy Accelrys. Materials Studio to pełne środowisko do projektowania materiałów, pracujące w architekturze klient serwer. Użytkownik tworzy zadanie obliczeniowe na komputerze klienckim (swoim pececie pracującym pod Windows) i uruchamia obliczenia na komputerze z zainstalowanym serwerem MS (może to być ten sam komputer).

Licencja

WCSS uczestniczy w licencji krajowej koordynowanej przez ICM. W ramach tej licencji w 2011/2012 r. dostępne są moduły:

  • MS Adsorption Locator
  • MS Amorphous Cell
  • MS Blends
  • MS CASTEP Interface
  • MS CASTEP Parallel
  • MS COMPASS Parallel
  • MS Conformers
  • MS Discover Parallel
  • MS DMol3 Interface
  • MS DMol3-Solid State Parallel
  • MS Equilibria
  • MS Forcite Plus
  • MS Gaussian Interface
  • MS GULP Interface
  • MS GULP Parallel
  • MS Mesocite
  • MS MesoDyn
  • MS MesoDyn Interface
  • MS Motif
  • MS Morphology
  • MS NMR CASTEP Parallel
  • MS ONETEP
  • MS ONETEP Interface
  • MS Polymorph Predictor
  • MS Polymorph Predictor Interface
  • MS QMERA
  • MS QMERA Interface
  • MS QSAR Plus
  • MS Reflex Plus
  • MS Reflex QPA
  • MS Sorption
  • MS Synthia
  • MS VAMP
  • MS VAMP Interface
  • MS Visualizer
  • MS X-Cell

Dodatkowe pola siłowe

Dla modułu MS Discover doinstalowane są dodatkowe pola siłowe (Force Fields) pobrane ze strony ich autora dr. Hendrika Heinza ([1]). Użytkownicy korzystający z tych dodatkowych pól proszeni są o cytowanie publikacji: Heinz, H.; Koerner, H.; Anderson, K. L.; Vaia, R. A.; Farmer, B. L. Chem. Mater. 2005, 17, 5658–5669.

Uruchamianie aplikacji

Użytkownik może korzystać z MS zainstalowanego na serwerach WCSS lub zainstalować ten pakiet na swoim komputerze.

Aby uzyskać dostęp do oprogramowania i do licencji należy przesłać adres IP swojego komputera i aktualne dane kontaktowe pod adres Jerzy.Pankiewicz @ pwr.wroc.pl. Dla laptopa można podać dwa adresy IP - w pracy i w domu.

Pakiet składa się z dwóch części: klienta i serwera. Klient jest dostępny na systemy Microsoft Windows, serwer na systemy Microsoft Windows i Unix.

Klient i obliczenia lokalne

Środowisko graficzne Materials Studio służące do wizualizacji i projektowania jest dostępne tylko w postaci klienta na system Microsoft Windows. Klient ma możliwość współpracy z serwerem zainstalowanym lokalnie lub na innym komputerze w sieci.

Aby pracować w MS w pełni lokalnie instaluje się klienta wraz z serwerem w wersji na system Windows. Można również, na swoim drugim komputerze w sieci lokalnej z systemem klasy Unix, zainstalować serwer w wersji na Unixa. Są to opcje korzystne, jeśli użytkownik potrzebuje na bieżąco śledzić w interfejsie graficznym przebieg obliczeń.

Klient MS pozwala także na zapisanie plików wejściowych z danymi modelu tak, że po przekopiowaniu ich na serwer można niezależnie zlecić na nim obliczenia. Pozwala również skonfigurować połączenie ze zdalnym serwerem i bezpośrednio z poziomu klienta zlecać na niego obliczenia.

Obliczenia zdalne

WCSS udostępnia serwery MS na Leo i klastrze Supernova. Na klastrze Supernova działa tzw. Gateway, za pośrednictwem którego można zdalnie z poziomu interfejsu klienta zlecać obliczenia do wykonania na serwerach. Aby móc to robić należy pobrać oprogramowanie, zainstalować klienta na swoim komputerze i po uruchomieniu klienta utworzyć nowy projekt i wybrać z menu Tools polecenie Server console. Następnie w oknie Server console należy dodać nowy Gateway o parametrach: 

adres: accelrys.wcss.pl
port: 18888
połączenie: HTTPS

Zobacz też szczegółowe instrukcje:

Dla tak podłączonego serwera można obejrzeć listę dostępnych modułów.

Aby mieć możliwość zdalnego zlecania zadań przez Gateway, trzeba uzyskać specjalny login i hasło (niezależny od loginu i hasła systemowego). Użytkowników zainteresowanych uzyskaniem dostępu prosimy o skontaktowanie się w tym celu z administratorami.

Zadania zlecane przez Gateway trafiają do systemu kolejkowego PBS, do kolejki wybranej przed zleceniem obliczeń. Status zadań i ich historię można obserwować przez stronę WWW Gateway'a: https://accelrys.wcss.pl:18888/

Obliczenia wsadowe

Obliczenia można zlecać także w trybie wsadowym. Po zapisaniu z poziomu interfejsu klienta plików wejściowych, przekopiowaniu ich a serwer w WCSS, można zlecić obliczenia z wykorzystaniem gotowych skryptów sub-moduł (istnieją tylko dla niektórych modułów MS) lub poleceń dostępnych w katalogu instalacji (trzeba pamiętać o wstawieniu ich do jednej z kolejek PBS).

Gotowe skrypty

W ścieżce /usr/local/bin znajdują się gotowe skrypty wstawiające do kolejek PBS obliczenia niektórych modułów MS: 

supernova> sub-DMol3 nazwa_zadania liczba_rdzeni [pamiec_w_MB_na_rdzen] [kolejka]

Skrypt zakłada, że w bieżącym katalogu znajduje się plik wejściowy z rozszerzeniem .input oraz wszystkie pozostałe potrzebne pliki wejściowe.

Polecenia dostępne na klastrze Supernova
AmorphousCell /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio60/etc/AmorphousCell/bin/RunAmorphousCell.sh nazwa_pliku
CASTEP /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio6.0/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh
DFTB+ /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio6.0/etc/DFTB/bin/RunDFTB.sh
Discover /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio6.0/etc/Discover/bin/RunDiscover.sh
Dmol3 /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio6.0/etc/DMol3/bin/RunDMol3.sh
DPD /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio6.0/etc/DPD/bin/RunDPD.sh 
Equilibria /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio6.0/etc/Equilibria/bin/RunEquilibria.sh 
GULP /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio6.0/etc/GULP/bin/RunGULP.sh 
Kinetixas /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio6.0/etc/Kinetix/bin/RunKinetix.sh 
MatServer /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio6.0/etc/MatServer/bin/RunMatServer.sh 
MesoDyn /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio6.0/etc/MesoDyn/bin/RunMesoDyn.sh 
Mesotek /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio6.0/etc/Mesotek/bin/RunMesotek.sh
ONETEP /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio6.0/etc/ONETEP/bin/RunONETEP.sh 
QMERA /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio6.0/etc/QMERA/bin/RunQMERA.sh 
VAMP /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio6.0/etc/VAMP/bin/RunVAMP.sh


Przykład

Obliczenia można uruchomić poleceniem (przykład dla modułu VAMP): 

supernova> /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio6.0/etc/VAMP/bin/RunVAMP.sh -q short6h filename.input

gdzie:

  • filename.input to plik z danymi do obliczeń,
  • -q short6h to nazwa kolejki, do której zostanie wstawione zadanie.

Zobacz też: CASTEP

Dokumentacja


Oprogramowanie
naukowe 		Biovia Discovery Studio ⋅ Materials Studio [ CASTEP ]


Oprogramowanie
naukowe 		Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD:  Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k


Źródło: „https://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Materials_Studio&oldid=3155”