Discovery Studio

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Biovia < Discovery Studio

!	Z dniem 30 września 2014 zmienił się serwer licencji krajowej. Nowy serwer dostępny jest pod adresem: licenses2.icm.edu.pl.

!	Przed uruchomieniem aplikacji należy aktywować połączenie VPN z serwerem w WCSS (zobacz korzystanie z VPN). Połączenie VPN powinno pozostać aktywne przez cały czas korzystania z klienta.

Discovery Studio
Serwer	Wersja
Klaster kampusowy	4.0
Do samodzielnej instalacji	2017R2 4.1 4.0 3.5
Kontakt
kdm@wcss.pl

Discovery Studio - oprogramowanie firmy Biovia (dawniej Accelrys). Pakiet jest wykorzystywany do obliczeń w dziedzinach takich jak: chemia, biologia oraz innych naukach zaangażowanych w badanie małych cząstek, takich jak bioterapeutyki. Discovery Studio to pełne środowisko do modelowania i symulowania takich cząstek, pracujące w architekturze klient serwer. Użytkownik tworzy zadanie obliczeniowe na komputerze klienckim (swoim pececie pracującym pod Windows) i uruchamia obliczenia na komputerze z zainstalowanym serwerem DS (może to być ten sam komputer lub zdalny serwer).

Licencja

WCSS uczestniczy w licencji krajowej 2015/2016 koordynowanej przez ICM, w ramach której dostępne są wszystkie moduły pakietu Discovery Studio (zobacz: Biovia).

Informacja o wykorzystaniu

Uprzejmie przypominamy o konieczności zamieszczania w publikacjach informacji o wykorzystaniu krajowej licencji Biovia (d. Accelrys).

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Uruchamianie aplikacji

Użytkownik może korzystać z DS zainstalowanego na serwerach WCSS lub zainstalować ten pakiet na swoim komputerze.

Pakiet składa się z dwóch części: klienta i serwera. Klient jest dostępny na systemy Microsoft Windows, serwer na systemy Microsoft Windows i Unix.

Pliki instalacyjne aplikacji można pobrać z serwera FTP.

Środowisko graficzne Discovery Studio służące do wizualizacji i projektowania jest dostępne w postaci klienta na system Microsoft Windows. Klient ma możliwość współpracy z serwerem zainstalowanym lokalnie lub na innym komputerze w sieci.

Klient Discovery Studio pozwala także na zapisanie plików wejściowych z danymi modelu tak, że po przekopiowaniu ich na serwer można niezależnie zlecić na nim obliczenia. Pozwala również skonfigurować połączenie ze zdalnym serwerem obliczeniowym i bezpośrednio z poziomu klienta zlecać na niego obliczenia.

Aby wykonywać obliczenia na zdalnym serwerze obliczeniowym po zainstalowaniu oprogramowania należy:

• skonfigurować w systemie połączenie VPN. Połączenie VPN należy uruchamiać przed rozpoczęciem pracy z aplikacją i powinno ono pozostać aktywne przez cały czas korzystania z klienta.
• uruchomić klienta DS i w prawym dolnym rogu okna kliknąć pole Server,
• w okienku Change Server wpisać nazwę serwera: biovia-ds.kdm.wcss.pl
• po zatwierdzeniu należy zalogować się używając loginu i hasła do konta WCSS.

Obliczenia na infrastrukturze PLATON-U3

Na infrastrukturze PLATON-U3 (klaster kampusowy) dostępna jest pełna instalacja Discovery Studio (środowisko PP, klient DS, serwer DS) oraz dodatkowe biblioteki: PDB, Swiss-Pro, UniRef90 i NRDB. W celu skorzystania z aplikacji należy zarejestrować się jako użytkownik Platon-U3 w WCSS na stronie usługi (https://wcss.cloud.pionier.net.pl) i następnie założyć rezerwację na maszynę wirtualną z Discovery Studio. Po uzyskaniu dostępu do maszyny wirtualnej i uruchomieniu aplikacji można zlecać obliczenia.

Sposób zakładania rezerwacji i korzystania z aplikacji na klastrze kampusowym jest opisany na stronie infrastruktury PLATON U3.

Dokumentacja

• Strona pakietu w serwisie Biovia
• Webinaria z DS
• Tutorials - tutoriale dostępne on-line do każdego z modułów DS, z praktycznymi przykładami. Wymagają wcześniejszego założenia konta w portalu Biovia i zalogowania się na to konto.

Oprogramowanie naukowe	Biovia	Discovery Studio ⋅ Materials Studio [ CASTEP ]