Biovia: Różnice pomiędzy wersjami
m |
|||
| Linia 1: | Linia 1: | ||
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small> | <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small> | ||
| − | {{zasobytab|logo=|serwery=[[Tezro]], [[Leo]]}} | + | {{zasobytab|logo=|serwery=[[Tezro]], [[Leo]], [[Nova]]}} |
'''Accelrys''' (do 1 czerwca 2001 MSI, Molecular Simulations Inc.) - firma będąca jednym z największych dostawców oprogramowania naukowego z dziedziny modelowania molekularnego. Udostępnia oprogramowanie na platformy UNIX oraz PC/Windows. | '''Accelrys''' (do 1 czerwca 2001 MSI, Molecular Simulations Inc.) - firma będąca jednym z największych dostawców oprogramowania naukowego z dziedziny modelowania molekularnego. Udostępnia oprogramowanie na platformy UNIX oraz PC/Windows. | ||
| Linia 7: | Linia 7: | ||
*[[Catalyst]] | *[[Catalyst]] | ||
*[[Cerius2]] | *[[Cerius2]] | ||
| − | |||
*[[Insight II]] | *[[Insight II]] | ||
| − | |||
*[[Materials Studio]] | *[[Materials Studio]] | ||
*[[Discovery Studio]] | *[[Discovery Studio]] | ||
| Linia 15: | Linia 13: | ||
== Licencja krajowa == | == Licencja krajowa == | ||
=== Zasady korzystania === | === Zasady korzystania === | ||
| − | Krajową licencję na produkty firmy Accelrys udostępnia ICM. Informacje o licencji na rok akademicki | + | Krajową licencję na produkty firmy Accelrys udostępnia ICM. Informacje o licencji na rok akademicki 2010/2011 są dostępne na stronie: |
| − | *http://www.icm.edu.pl/kdm/Accelrys: | + | *http://www.icm.edu.pl/kdm/Accelrys:_NoweZasady1011 |
| − | Z akademickiej licencji krajowej mogą korzystać w WCSS tylko zespoły badawcze (kierownik może włączyć do zespołu np. zaawansowanego studenta). Do zajęć dydaktycznych należy używać licencji edukacyjnej - w tej sprawie prowadzący zajęcia powinni kontaktować się z ICM | + | Z akademickiej licencji krajowej mogą korzystać w WCSS tylko zespoły badawcze (kierownik może włączyć do zespołu np. zaawansowanego studenta). Do zajęć dydaktycznych należy używać licencji edukacyjnej - w tej sprawie prowadzący zajęcia powinni kontaktować się z ICM. W celach edukacyjnych WCSS może udostępnić tylko komputer [[Leo]]. |
=== Obowiązkowa ankieta === | === Obowiązkowa ankieta === | ||
| Linia 39: | Linia 37: | ||
;Wstawianie zadań do kolejki | ;Wstawianie zadań do kolejki | ||
| − | Zadania należy uruchamiać | + | Zadania należy uruchamiać w kolejkach systemu kolejkowego PBS. Do uruchomienia zadań wsadowych należy posłużyć się poleceniem '''qsub''', bliżej omówionym w artykule [[PBS]]. |
== Dokumentacja == | == Dokumentacja == | ||
Wersja z 14:57, 30 maj 2011
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe
|
Accelrys (do 1 czerwca 2001 MSI, Molecular Simulations Inc.) - firma będąca jednym z największych dostawców oprogramowania naukowego z dziedziny modelowania molekularnego. Udostępnia oprogramowanie na platformy UNIX oraz PC/Windows.
Pakiety
Niektóre z dostępnych pakietów:
Licencja krajowa
Zasady korzystania
Krajową licencję na produkty firmy Accelrys udostępnia ICM. Informacje o licencji na rok akademicki 2010/2011 są dostępne na stronie:
Z akademickiej licencji krajowej mogą korzystać w WCSS tylko zespoły badawcze (kierownik może włączyć do zespołu np. zaawansowanego studenta). Do zajęć dydaktycznych należy używać licencji edukacyjnej - w tej sprawie prowadzący zajęcia powinni kontaktować się z ICM. W celach edukacyjnych WCSS może udostępnić tylko komputer Leo.
Obowiązkowa ankieta
Osoby, które korzystają z oprogramowania Accelrys zobowiązane są do wypełnienia ankiety, dostępnej on-line na stronach ICM: Ankieta uczestnika licencji krajowej oprogramowania Accelrys.
Informacja o wykorzystaniu
Uprzejmie przypominamy o konieczności zamieszczania w artykułach informacji o wykorzystaniu krajowej licencji Accelrys. Oryginalne sformułowanie umowy brzmi:
- "To acknowledge use of the country-wide license in every scientific paper where the software in the Country wide license is used".
Uprzejmie przypominamy, że do końca stycznia każdego roku kierownicy grantów powinni dostarczyć do WCSS sprawozdania, w tym kopie artykułów, w których wykorzystano oprogramowanie Accelrys lub wyjaśnienie dlaczego, mimo wykorzystania licencji, takie publikacje nie powstały.
Accelrys w WCSS
W WCSS pakiety firmy Accelrys dostępne są na serwerach Tezro, Leo i Nova. Aby praca z pakietami była możliwa (zarówno zdalna jak i lokalna) muszą być spełnione dwa podstawowe warunki:
- Połączenie sieciowe między Tezro/Leo/Nova a serwerem licencji w ICM (Warszawa) jest aktywne.
- Dostępna jest dostateczna ilość żetonów (ang. token) do uruchomienia pakietu/modułu.
- Wstawianie zadań do kolejki
Zadania należy uruchamiać w kolejkach systemu kolejkowego PBS. Do uruchomienia zadań wsadowych należy posłużyć się poleceniem qsub, bliżej omówionym w artykule PBS.
Dokumentacja
Dokumentacja w formie książkowej dostępna jest w WCSS, pok. 6. WCSS posiada także dostęp do dokumentacji najnowszych wersji produktów w postaci elektronicznej (pdf), aby z nich skorzystać prosimy o kontakt z administratorami.
Accelrys w sieci:
- Strona główna firmy Accelrys
- Insight II
- Cerius2
- Quanta
- Catalyst
- Strona Accelrysa w ICM
- Informacje o licencji krajowej
- Biuletyn Accelrys eFlash
Zobacz też: Oprogramowanie KDM
| Oprogramowanie naukowe |
Biovia | Discovery Studio ⋅ Materials Studio [ CASTEP ] |
|---|
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|