Amber: Różnice pomiędzy wersjami
| Linia 1: | Linia 1: | ||
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small> | <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small> | ||
| − | {{aplikacja|nazwa=Amber|logo=|serwer=[[ | + | {{aplikacja|nazwa=Amber|logo=|serwer=[[Supernova]]|wersja=Amber 11|wersja2=AmberTools 1.5}} |
'''Amber''' - grupa narzędzi do modelowania molekularnego, stosowanych głównie w przypadku makromolekuł biologicznych. W skład pakietu wchodzą pola siłowe Amber (z których korzysta wiele aplikacji liczących dynamikę molekularną), program Amber 11 oraz narzędzia AmberTools. Pakietu AmberTools można używać niezależnie, natomiast do użycia programu Amber 11 wymagana jest instalacja AmberTools. | '''Amber''' - grupa narzędzi do modelowania molekularnego, stosowanych głównie w przypadku makromolekuł biologicznych. W skład pakietu wchodzą pola siłowe Amber (z których korzysta wiele aplikacji liczących dynamikę molekularną), program Amber 11 oraz narzędzia AmberTools. Pakietu AmberTools można używać niezależnie, natomiast do użycia programu Amber 11 wymagana jest instalacja AmberTools. | ||
| Linia 29: | Linia 29: | ||
=== Korzystanie w WCSS === | === Korzystanie w WCSS === | ||
| − | Amber 11 dostępny jest na klastrze [[ | + | Amber 11 dostępny jest na klastrze [[Supernova]] w katalogu <code>/usr/local/AMBER/amber11/</code> w wersji sekwencyjnej i równoległej. Zrównoleglone są narzędza: pmemd.MPI, sander.MPI, sander.LES.MPI. |
Przed przystąpieniem do korzystania można ustawić środowisko programu wykonując polecenie: | Przed przystąpieniem do korzystania można ustawić środowisko programu wykonując polecenie: | ||
Wersja z 14:55, 5 sty 2012
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe
| Amber | |
|---|---|
| Serwer | Wersja |
| Supernova | Amber 11 AmberTools 1.5 |
| Kontakt | |
| kdm@wcss.pl | |
Amber - grupa narzędzi do modelowania molekularnego, stosowanych głównie w przypadku makromolekuł biologicznych. W skład pakietu wchodzą pola siłowe Amber (z których korzysta wiele aplikacji liczących dynamikę molekularną), program Amber 11 oraz narzędzia AmberTools. Pakietu AmberTools można używać niezależnie, natomiast do użycia programu Amber 11 wymagana jest instalacja AmberTools.
Licencja
- Pola siłowe Amber znajdują się w domenie publicznej.
- AmberTools udostępniany jest jako open source. Większość kodu jest na wolnej licencji GNU GPL v.3, za wyjątkiem netcdf (własna wolna licencja), reduce (własna wolna licencja), lapak i blas (domena publiczna), arpack (BSD), ucpp (BSD-style).
- Amber 11 sprzedawany jest na zasadach określonych w "Amber 11 License Agreement", przy czym biblioteka "rmsd" (amber11/src/sander/ncsu-rmsd.f) jest udostępniana na licencji GNU LGPL.
Funkcjonalności
W skład Amber 11 wchodzi około 50 programów, z których najczęściej używane to:
- sander - podstawowy program pakietu Amber11, wersja szeregowa, do przeprowadzania dynamiki molekularnej, liczenia PMF.
- pmemd - zmodyfikowana, zrównoleglona wersja programu
sander. W Amber od wersji 11 zaimplementowano możliwość korzystania z akceleracji obliczeń na GPU. - nmode - program do minimalizacji funkcji energii potencjalnej układu, przeprowadzania analiz wibracyjnych, poszukiwania stanów przejściowych.
- LEaP - interfejs graficzny do tworzenia plików parametrów, topologii, plików z koordynatami (.xyz) molekuł.
- antechamber - automatyzuje przygotowanie parametrów dla małych cząsteczek.
- ptraj - narzędzie do numerycznej analizy wyników .
- mm_pbsa - narzędzie do przetwarzania trajektorii dynamiki molekularnej.
Na AmberTools (w. 1.5) składa się zestaw narzędzi:
- NAB
- antechamber i MCPB
- tleap i sleap - przygotowanie symulacji dla Ambera
- sqm
- pbsa
- 3D-RISM
- ptraj i cpptraj
- MMPBSA.py i amberlite
Korzystanie w WCSS
Amber 11 dostępny jest na klastrze Supernova w katalogu /usr/local/AMBER/amber11/ w wersji sekwencyjnej i równoległej. Zrównoleglone są narzędza: pmemd.MPI, sander.MPI, sander.LES.MPI.
Przed przystąpieniem do korzystania można ustawić środowisko programu wykonując polecenie:
> module load amber (dla wersji domyślnej - najnowszej) > module load amber/11.0
Po ustawieniu środowiska dla danej wersji można korzystać z polecenia do uruchamiania programu głównego (oraz szeregu narzędzi), m.in.:
> sander
- Wstawianie zadań do kolejki
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.
Należy stworzyć samodzielnie skrypt, np. o nazwie amber.sh, przykład:
#!/bin/bash source /usr/local/Modules/3.2.7/init/bash module load amber CURDIR=`pwd` mkdir $SCRDIR/katalog-zadania cd $SCRDIR/katalog-zadania cp $CURDIR/* . # wywołanie aplikacji sander, zmienna ustawiana przez moduł $SANDER_RUN [opcje] cd $SCRDIR tar cvf $SCRDIR/katalog-zadania.tar $SCRDIR/katalog-zadania cp $SCRDIR/katalog-zadania.tar $CURDIR rm -rf $SCRDIR/katalog-zadania
Nadać skryptowi prawa wykonywania:
> chmod +x amber.sh
Wstawić skrypt do kolejki PBS:
> qsub -N amber_01 -q short48h -l select=1:epoch=hp ./amber.sh
Skrypt z podaniem rozmiaru pamięci RAM dla zadania:
> qsub -N amber_01 -q short48h -l select=1:mem=2gb:epoch=hp ./amber.sh
Obliczenia równoległe:
> qsub -N amber_01 -q short48h -l select=1:ncpus=2:mpiprocs=2:mem=4gb:epoch=hp ./amber.sh
Dokumentacja
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|