Amber: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
Linia 1: Linia 1:
−
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small>
+
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Amber</small>
 
{{aplikacja|nazwa=Amber|logo=|serwer=[[Supernova]]|wersja=Amber 11|wersja2=AmberTools 1.5}}
 
{{aplikacja|nazwa=Amber|logo=|serwer=[[Supernova]]|wersja=Amber 11|wersja2=AmberTools 1.5}}
 
'''Amber''' - grupa narzędzi do modelowania molekularnego, stosowanych głównie w przypadku makromolekuł biologicznych. W skład pakietu wchodzą pola siłowe Amber (z których korzysta wiele aplikacji liczących dynamikę molekularną), program Amber 11 oraz narzędzia AmberTools. Pakietu AmberTools można używać niezależnie, natomiast do użycia programu Amber 11 wymagana jest instalacja AmberTools.
 
'''Amber''' - grupa narzędzi do modelowania molekularnego, stosowanych głównie w przypadku makromolekuł biologicznych. W skład pakietu wchodzą pola siłowe Amber (z których korzysta wiele aplikacji liczących dynamikę molekularną), program Amber 11 oraz narzędzia AmberTools. Pakietu AmberTools można używać niezależnie, natomiast do użycia programu Amber 11 wymagana jest instalacja AmberTools.
  
−
=== Licencja ===
+
== Licencja ==
 
* Pola siłowe Amber znajdują się w domenie publicznej.
 
* Pola siłowe Amber znajdują się w domenie publicznej.
 
* AmberTools udostępniany jest jako open source. Większość kodu jest na wolnej licencji GNU GPL v.3, za wyjątkiem netcdf (własna wolna licencja), reduce (własna wolna licencja), lapak i blas (domena publiczna), arpack (BSD), ucpp (BSD-style).
 
* AmberTools udostępniany jest jako open source. Większość kodu jest na wolnej licencji GNU GPL v.3, za wyjątkiem netcdf (własna wolna licencja), reduce (własna wolna licencja), lapak i blas (domena publiczna), arpack (BSD), ucpp (BSD-style).
 
* Amber 11 sprzedawany jest na zasadach określonych w "Amber 11 License Agreement", przy czym biblioteka "rmsd" (amber11/src/sander/ncsu-rmsd.f) jest udostępniana na licencji GNU LGPL.
 
* Amber 11 sprzedawany jest na zasadach określonych w "Amber 11 License Agreement", przy czym biblioteka "rmsd" (amber11/src/sander/ncsu-rmsd.f) jest udostępniana na licencji GNU LGPL.
  
−
=== Funkcjonalności ===
+
== Funkcjonalności ==
 
W skład '''Amber 11''' wchodzi około 50 programów, z których najczęściej używane to:
 
W skład '''Amber 11''' wchodzi około 50 programów, z których najczęściej używane to:
 
* sander - podstawowy program pakietu Amber11, wersja szeregowa, do przeprowadzania dynamiki molekularnej, liczenia PMF.
 
* sander - podstawowy program pakietu Amber11, wersja szeregowa, do przeprowadzania dynamiki molekularnej, liczenia PMF.
Linia 28: Linia 28:
 
* MMPBSA.py i amberlite
 
* MMPBSA.py i amberlite
  
−
=== Korzystanie w WCSS ===
+
== Korzystanie w WCSS ==
−
Amber 11 dostępny jest na klastrze [[Supernova]] w katalogu <code>/usr/local/AMBER/amber11/</code> w wersji sekwencyjnej i równoległej. Zrównoleglone są narzędza: pmemd.MPI, sander.MPI, sander.LES.MPI.
+
Amber 11 dostępny jest na klastrze [[Supernova]] w katalogu <code>/usr/local/AMBER/amber11/</code> w wersji sekwencyjnej i równoległej. Zrównoleglone są narzędzia: pmemd.MPI, sander.MPI, sander.LES.MPI.
  
−
Przed przystąpieniem do korzystania można ustawić środowisko programu wykonując polecenie:
+
=== Praca w trybie interaktywnym ===
 +
Praca z pakietem w trybie interaktywnym jest możliwa po uruchomieniu zadania interaktywnego w jednej z kolejek [[PBS]], np:
 +
> qsub -I -l software=Amber
 +
 
 +
Środowisko programu inicjalizowane jest w powłoce przez polecenie:
 
  > module load amber (dla wersji domyślnej - najnowszej)
 
  > module load amber (dla wersji domyślnej - najnowszej)
 
  > module load amber/11.0
 
  > module load amber/11.0
Linia 38: Linia 42:
 
  > sander
 
  > sander
  
−
; Wstawianie zadań do kolejki
+
=== Uruchamianie obliczeń w kolejce ===
−
 
 
 
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem [[system kolejkowy|systemu kolejkowego]].
 
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem [[system kolejkowy|systemu kolejkowego]].
  
−
Należy stworzyć samodzielnie skrypt, np. o nazwie amber.sh, przykład:  
+
Należy stworzyć samodzielnie skrypt, np. o nazwie <code>amber.sh</code>, przykład:  
 
  #!/bin/bash
 
  #!/bin/bash
 
  source /usr/local/Modules/3.2.7/init/bash
 
  source /usr/local/Modules/3.2.7/init/bash
Linia 62: Linia 65:
  
 
Wstawić skrypt do kolejki PBS:  
 
Wstawić skrypt do kolejki PBS:  
−
  > qsub -N amber_01 -q short48h -l select=1:epoch=hp ./amber.sh
+
  > qsub -N amber_01 -q short48h -l software=Amber -l select=1:ncpus=1 ./amber.sh
  
 
Skrypt z podaniem rozmiaru pamięci RAM dla zadania:  
 
Skrypt z podaniem rozmiaru pamięci RAM dla zadania:  
−
  > qsub -N amber_01 -q short48h -l select=1:mem=2gb:epoch=hp ./amber.sh
+
  > qsub -N amber_01 -q short48h -l software=Amber -l select=1:ncpus=1:mem=2gb ./amber.sh
  
 
Obliczenia równoległe:  
 
Obliczenia równoległe:  
 +
> qsub -N amber_01 -q short48h -l software=Amber -l select=1:ncpus=2:mpiprocs=2:mem=4gb ./amber.sh
  
−
> qsub -N amber_01 -q short48h -l select=1:ncpus=2:mpiprocs=2:mem=4gb:epoch=hp ./amber.sh
+
== Dokumentacja ==
−
 
 
−
=== Dokumentacja ===
 
 
* [http://ambermd.org/doc11/Amber11.pdf Amber 11 Users' Manual]
 
* [http://ambermd.org/doc11/Amber11.pdf Amber 11 Users' Manual]
 
* [http://ambermd.org/doc11/AmberTools.pdf AmberTools 1.5 Users' Manual]
 
* [http://ambermd.org/doc11/AmberTools.pdf AmberTools 1.5 Users' Manual]

Wersja z 12:43, 19 lip 2012

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Amber

Amber
Serwer Wersja
Supernova Amber 11
AmberTools 1.5
Kontakt
kdm@wcss.pl

Amber - grupa narzędzi do modelowania molekularnego, stosowanych głównie w przypadku makromolekuł biologicznych. W skład pakietu wchodzą pola siłowe Amber (z których korzysta wiele aplikacji liczących dynamikę molekularną), program Amber 11 oraz narzędzia AmberTools. Pakietu AmberTools można używać niezależnie, natomiast do użycia programu Amber 11 wymagana jest instalacja AmberTools.

Licencja

  • Pola siłowe Amber znajdują się w domenie publicznej.
  • AmberTools udostępniany jest jako open source. Większość kodu jest na wolnej licencji GNU GPL v.3, za wyjątkiem netcdf (własna wolna licencja), reduce (własna wolna licencja), lapak i blas (domena publiczna), arpack (BSD), ucpp (BSD-style).
  • Amber 11 sprzedawany jest na zasadach określonych w "Amber 11 License Agreement", przy czym biblioteka "rmsd" (amber11/src/sander/ncsu-rmsd.f) jest udostępniana na licencji GNU LGPL.

Funkcjonalności

W skład Amber 11 wchodzi około 50 programów, z których najczęściej używane to:

  • sander - podstawowy program pakietu Amber11, wersja szeregowa, do przeprowadzania dynamiki molekularnej, liczenia PMF.
  • pmemd - zmodyfikowana, zrównoleglona wersja programu sander. W Amber od wersji 11 zaimplementowano możliwość korzystania z akceleracji obliczeń na GPU.
  • nmode - program do minimalizacji funkcji energii potencjalnej układu, przeprowadzania analiz wibracyjnych, poszukiwania stanów przejściowych.
  • LEaP - interfejs graficzny do tworzenia plików parametrów, topologii, plików z koordynatami (.xyz) molekuł.
  • antechamber - automatyzuje przygotowanie parametrów dla małych cząsteczek.
  • ptraj - narzędzie do numerycznej analizy wyników .
  • mm_pbsa - narzędzie do przetwarzania trajektorii dynamiki molekularnej.

Na AmberTools (w. 1.5) składa się zestaw narzędzi:

  • NAB
  • antechamber i MCPB
  • tleap i sleap - przygotowanie symulacji dla Ambera
  • sqm
  • pbsa
  • 3D-RISM
  • ptraj i cpptraj
  • MMPBSA.py i amberlite

Korzystanie w WCSS

Amber 11 dostępny jest na klastrze Supernova w katalogu /usr/local/AMBER/amber11/ w wersji sekwencyjnej i równoległej. Zrównoleglone są narzędzia: pmemd.MPI, sander.MPI, sander.LES.MPI.

Praca w trybie interaktywnym

Praca z pakietem w trybie interaktywnym jest możliwa po uruchomieniu zadania interaktywnego w jednej z kolejek PBS, np: 

> qsub -I -l software=Amber

Środowisko programu inicjalizowane jest w powłoce przez polecenie: 

> module load amber (dla wersji domyślnej - najnowszej)
> module load amber/11.0

Po ustawieniu środowiska dla danej wersji można korzystać z polecenia do uruchamiania programu głównego (oraz szeregu narzędzi), m.in.: 

> sander

Uruchamianie obliczeń w kolejce

Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.

Należy stworzyć samodzielnie skrypt, np. o nazwie amber.sh, przykład: 

#!/bin/bash
source /usr/local/Modules/3.2.7/init/bash
module load amber
CURDIR=`pwd`
mkdir $SCRDIR/katalog-zadania
cd $SCRDIR/katalog-zadania
cp $CURDIR/* .

# wywołanie aplikacji sander, zmienna ustawiana przez moduł
$SANDER_RUN [opcje]  
cd $SCRDIR
tar cvf $SCRDIR/katalog-zadania.tar $SCRDIR/katalog-zadania
cp $SCRDIR/katalog-zadania.tar $CURDIR
rm -rf $SCRDIR/katalog-zadania

Nadać skryptowi prawa wykonywania: 

> chmod +x amber.sh

Wstawić skrypt do kolejki PBS: 

> qsub -N amber_01 -q short48h -l software=Amber -l select=1:ncpus=1 ./amber.sh

Skrypt z podaniem rozmiaru pamięci RAM dla zadania: 

> qsub -N amber_01 -q short48h -l software=Amber -l select=1:ncpus=1:mem=2gb ./amber.sh

Obliczenia równoległe: 

> qsub -N amber_01 -q short48h -l software=Amber -l select=1:ncpus=2:mpiprocs=2:mem=4gb ./amber.sh

Dokumentacja


Oprogramowanie
naukowe 		Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD:  Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k


Źródło: „https://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Amber&oldid=3280”