LAMMPS: Różnice pomiędzy wersjami

Aktualna wersja na dzień 08:39, 17 sty 2020

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < LAMMPS

LAMMPS

Serwer	Wersja
Bem	LAMMPS 20190807 LAMMPS 20170331 LAMMPS 20160514 LAMMPS 20141209
Kontakt
kdm@wcss.pl

LAMMPS (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) - oprogramowanie służące do symulacji dynamiki molekularnej.

Licencja

Pakiet jest darmowy, rozpowszechniany na licencji GNU GPL.

Informacje o wykorzystaniu

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

LAMMPS w WCSS

Wstawianie zadań do kolejki

Zadania obliczeniowe należy wstawiać do jednej z kolejek systemu PBS. Można w tym celu skorzystać z gotowych skryptów:

sub-lammps (uruchamia wersję 20141209)

sub-lammps-20141209

sub-lammps-20160514

sub-lammps-20170331

sub-lammps-20190807

>[wcss] user@bem ~ > sub-lammps
> Usage: /usr/local/bin/sub-lammps in.file [parameters]
> Parameters:
> -q queue (default - main)
> -n nodes (default - 1)
> -p cores (per node, default - 1)
> -m memory (per node, in MB, default - 2000)
> -w walltime (in hours, default - 504)

Praca w trybie interaktywnym

Praca z pakietem w trybie interaktywnym jest możliwa po uruchomieniu zadania interaktywnego:

> qsub -I -l walltime=2:00:00

Wersje programu Lammps, zainstalowane na klastrze Bem, można sprawdzić poprzez wyświetlenie dostępnych modułów:

> module avail lammps

Środowisko programu inicjowane jest w powłoce przez polecenie (w zależności od wersji programu):

> module load lammps/20141209

Po ustawieniu środowiska można korzystać z polecenia do uruchamiania programu:

> lmp_wcss <in.plik

lub

> mpirun -np x lmp_wcss <in.plik

gdzie:

x - liczba zrównoleglanych procesów
in.plik - plik inputowy

Sposób użycia programu oraz listę zainstalowanych pakietów można uzyskać za pomocą polecenia:

> lmp_wcss -h

Zobacz też

Oprogramowanie
naukowe

Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k

@@ Linia 1: / Linia 1: @@
 <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < LAMMPS</small>
-{{aplikacja|nazwa=LAMMPS|logo=|serwer=[[Bem]]|wersja=LAMMPS 20170331|wersja2=LAMMPS 20160514|wersja3='''LAMMPS 20141209'''}}
+{{aplikacja|nazwa=LAMMPS|logo=|serwer=[[Bem]]|wersja=LAMMPS 20190807|wersja2=LAMMPS 20170331|wersja3=LAMMPS 20160514|wersja4='''LAMMPS 20141209'''}}
 '''LAMMPS''' (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) - oprogramowanie służące do symulacji dynamiki molekularnej.
@@ Linia 14: / Linia 14: @@
 '''sub-lammps''' (uruchamia wersję 20141209)
+'''sub-lammps-20141209'''
+'''sub-lammps-20160514'''
+'''sub-lammps-20170331'''
+'''sub-lammps-20190807'''
+ >[wcss] user@bem ~ > sub-lammps
   > Usage: /usr/local/bin/sub-lammps in.file [parameters]
   > Parameters:
@@ Linia 21: / Linia 30: @@
   > -m memory (per node, in MB, default - 2000)
   > -w walltime (in hours, default - 504)
 === Praca w trybie interaktywnym ===
 Praca z pakietem w trybie interaktywnym jest możliwa po uruchomieniu [[Jak_korzystać_z_kolejek_PBS#Uruchomienie_zadania_interaktywnego|zadania interaktywnego]]:
   > qsub -I -l walltime=2:00:00
+Wersje programu Lammps, zainstalowane na klastrze Bem, można sprawdzić poprzez wyświetlenie dostępnych modułów:
+ > module avail lammps
 Środowisko programu inicjowane jest w powłoce przez polecenie (w zależności od wersji programu):
   > module load lammps/20141209
@@ Linia 37: / Linia 46: @@
 * in.plik - plik inputowy
+Sposób użycia programu oraz listę zainstalowanych pakietów można uzyskać za pomocą polecenia:
+ > lmp_wcss -h
 ;Zobacz też