Gromacs: Różnice pomiędzy wersjami
| Linia 5: | Linia 5: | ||
== Licencja == | == Licencja == | ||
Pakiet jest darmowy, rozpowszechniany na licencji [http://www.gnu.org/licenses/licenses.html#GPL GNU GPL]. | Pakiet jest darmowy, rozpowszechniany na licencji [http://www.gnu.org/licenses/licenses.html#GPL GNU GPL]. | ||
| − | + | === Informacje o wykorzystaniu === | |
| + | {{Podziękowanie_WCSS}} | ||
== Gromacs w WCSS == | == Gromacs w WCSS == | ||
Wersja z 10:25, 18 lip 2014
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe
| Gromacs | |
|---|---|
| |
| Serwer | Wersja |
| Supernova | 4.5.3 (single, double, seq, MPI) 4.5.5 (single, seq, MPI) |
| Kontakt | |
| kdm@wcss.pl | |
Gromacs (GROningen MAchine for Chemical Simulations) - pakiet oprogramowania chemicznego przeznaczony do symulacji dynamiki molekularnej. Program zaprojektowany został z myślą o molekułach biochemicznych (np. proteiny, lipidy), ale z powodzeniem wykorzystywany jest także do badania systemów nie-biologicznych, np. polimerów.
Licencja
Pakiet jest darmowy, rozpowszechniany na licencji GNU GPL.
Informacje o wykorzystaniu
Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):
"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "
"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."
Gromacs w WCSS
Gromacs umożliwia obliczenia równoległe przy użyciu standardowych bibliotek MPI.
Na klastrze Supernova dostępny jest
- Gromacs 4.5.3
- skompilowany kompilatorami Intela w wersji sekwencyjnej i równoległej z wykorzystaniem trybu float i double. Wszystkie wersje równoległe korzystają z bibliotek MPI (MVAPICH2) i sieci InfiniBand.
- Programy znajdują się w katalogach (odpowiednio do wersji):
/usr/local/gromacs/4.5.3-double/ - wersja sekwencyjna podwójnej precyzji /usr/local/gromacs/4.5.3-double-mpi/ - wersja równoległa podwójnej precyzji /usr/local/gromacs/4.5.3-single/ - wersja sekwencyjna pojedynczej precyzji /usr/local/gromacs/4.5.3-single-mpi/ - wersja równoległa pojedynczej precyzji
- Gromacs 4.5.5
- skompilowany kompilatorami Intela w wersji sekwencyjnej i równoległej z wykorzystaniem trybu float. Wersja równoległa korzysta z bibliotek MPI (MVAPICH2) i sieci InfiniBand.
- Programy znajdują się w katalogu:
/usr/local/gromacs/4.5.5-single/
Środowisko aplikacji
Do prostego ustawiania środowiska programu można skorzystać z mechanizmu modułów.
Załadowanie modułu w powłoce:
> module load gromacs
Powyższe polecenie ustawia odpowiednie ścieżki dostępu do poleceń grompp i mdrun domyślnej (najnowszej) wersji pakietu Gromacs.
Aby załadować środowisko konkretnej wersji należy skorzystać z jednego z poleceń:
> module load gromacs/4.5.3-s > module load gromacs/4.5.3-d > module load gromacs/4.5.5-s
Wstawianie zadań do kolejki
Zadania obliczeniowe należy wstawiać do jednej z kolejek systemu PBS. Można w tym celu skorzystać z gotowego skryptu lub napisać własny. Aby skorzystać z gotowego skryptu wystarczy wywołać polecenie:
> sub-gromacs plik.tpr [kolejka] [parametry]
Gdzie:
- Polecenie uruchamia najnowszą dostępną wersję programu.
- plik.tpr - plik z danymi wejściowymi
- Parametry w nawiasach [ ] są opcjonalne.
- -q kolejka (domyślnie parallel)
- -n liczba_rdzeni (domyślnie 4)
- -m ilosc_pamieci_na_rdzen_w_MB (domyślnie 1800)
- -i "plik1 plik2 ..." (lista plików potrzebnych do obliczeń - w cudzysłowach)
- -c plik_checkpoint (dodaje do wywołania mdrun opcję
-cpi plik_checkpoint, plik checkpointu nie powinien być podany za -i)
Starsze wersje programu, jeśli są wspierane dostępne są przez przez skrypt z oznaczeniem wersji, np:
> sub-gromacs4.5.3 plik_wejsciowy.tpr [kolejka] [liczba_cpu] [pamiec_per_cpu_w_MB]
Gdzie:
- Polecenie uruchamia wersję 4.5.3 programu.
- plik_wejsciowy.tpr - plik z danymi wejściowymi
- Parametry w nawiasach [ ] są opcjonalne.
- Domyślne wartości:
- kolejka = parallel
- liczba_cpu = 4
- pamiec_per_cpu_w_MB = 1800
- Uwaga
- Od wersji 4.5 Gromacs zrównolegla domyślnie obliczenia także na poziomie wątków. Liczbę wątków można ustalić opcją "
-nt <liczba wątków>". Aby wyłączyć wątkowanie należy w wywołaniu programu dodać opcję "-nt 1". Jeżeli wątkowanie jest włączone (domyślnie jest) program próbuje automatycznie podzielić domenę problemu na tyle porcji ile uruchamia wątków - jeżeli mu się to nie uda, program jest przerywany i zadanie kończy się komunikatem:
- -------------------------------------------------------
- Fatal error:
- Domain decomposition does not support simple neighbor searching, use grid searching or use particle decomposition
- For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
- website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
- -------------------------------------------------------
Dokumentacja
Zobacz też: Oprogramowanie KDM
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|