Biovia: Różnice pomiędzy wersjami
| Linia 32: | Linia 32: | ||
==Accelrys w WCSS== | ==Accelrys w WCSS== | ||
| − | W [[WCSS]] pakiety firmy Accelrys dostępne są na serwerach [[Tezro]] | + | W [[WCSS]] pakiety firmy Accelrys dostępne są na serwerach [[Tezro]] i [[Leo]]. Aby praca z pakietami była możliwa (zarówno zdalna jak i lokalna) muszą być spełnione dwa podstawowe warunki: |
# Połączenie sieciowe między Tezro/Leo a serwerem licencji w ICM (Warszawa) jest aktywne. | # Połączenie sieciowe między Tezro/Leo a serwerem licencji w ICM (Warszawa) jest aktywne. | ||
# Dostępna jest dostateczna ilość żetonów (ang. ''token'') do uruchomienia pakietu/modułu. | # Dostępna jest dostateczna ilość żetonów (ang. ''token'') do uruchomienia pakietu/modułu. | ||
| − | |||
Uprzejmie przypominamy o konieczności zamieszczania w artykułach informacji o wykorzystaniu krajowej licencji Accelrys. Oryginalne sformułowanie umowy brzmi: | Uprzejmie przypominamy o konieczności zamieszczania w artykułach informacji o wykorzystaniu krajowej licencji Accelrys. Oryginalne sformułowanie umowy brzmi: | ||
| Linia 45: | Linia 44: | ||
Uprzejmie przypominamy, że do końca stycznia każdego roku kierownicy grantów powinni dostarczyć do WCSS sprawozdania, w tym kopie artykułów, w których wykorzystano oprogramowanie Accelrys lub wyjaśnienie dlaczego, mimo wykorzystania licencji, takie publikacje nie powstały. | Uprzejmie przypominamy, że do końca stycznia każdego roku kierownicy grantów powinni dostarczyć do WCSS sprawozdania, w tym kopie artykułów, w których wykorzystano oprogramowanie Accelrys lub wyjaśnienie dlaczego, mimo wykorzystania licencji, takie publikacje nie powstały. | ||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
;Uruchamianie aplikacji | ;Uruchamianie aplikacji | ||
Wersja z 11:45, 22 sty 2010
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe
|
Accelrys (do 1 czerwca 2001 MSI, Molecular Simulations Inc.) - firma będąca jednym z największych dostawców oprogramowania naukowego z dziedziny modelowania molekularnego. Udostępnia oprogramowanie na platformy UNIX oraz PC/Windows.
Pakiety
Niektóre z dostępnych pakietów:
- CASTEP
- Catalyst
- Cerius2
- Charmm - w bieżacym roku akademickim jest dostępna licencja Charmm w ramach licencji Accelrys. Zespoły badawcze mogą zakupić własne licencje aktualnej wersji Charmm.
- CNX
- Insight II
- Felix
- Quanta
- Materials Studio
- Discovery Studio
Licencja krajowa
Zasady korzystania
Krajową licencję na produkty firmy Accelrys udostępnia ICM. Informacje o licencji na rok akademicki 2009/2010 są dostępne na stronie:
Z akademickiej licencji krajowej mogą korzystać w WCSS tylko zespoły badawcze (kierownik może włączyć do zespołu np. zaawansowanego studenta). Do zajęć dydaktycznych należy używać licencji edukacyjnej - w tej sprawie prowadzący zajęcia powinni kontaktować się z ICM, WCSS jedynie może udostępnić komputer Leo.
Obowiązkowa ankieta
Osoby, które korzystają z oprogramowania Accelrys zobowiązane są do wypełnienia ankiety i wysłania jej pod adres: accelrys@icm.edu.pl
Publikacje
Z powodu planowanej podwyżki cen licencji w roku 2007/2008 uprzejmie prosimy o dokumentowanie w WCSS wszystkich publikacji, w których wykorzystano licencję krajową Accelrys. Kopie publikacji z roku 2006 należy dostarczyć do WCSS wraz z rocznym sprawozdaniem, natomiast publikacje z pierwszego półrocza 2007 do 30 czerwca. Liczba zakupionych licencji będzie ściśle związana z liczbą publikacji. Autorzy publikacji będą mieli pierwszeństwo w dostępie do licencji.
Prosimy o informacje o programach, które mogą przynajmniej częściowo zastąpić produkty Accelrys.
Accelrys w WCSS
W WCSS pakiety firmy Accelrys dostępne są na serwerach Tezro i Leo. Aby praca z pakietami była możliwa (zarówno zdalna jak i lokalna) muszą być spełnione dwa podstawowe warunki:
- Połączenie sieciowe między Tezro/Leo a serwerem licencji w ICM (Warszawa) jest aktywne.
- Dostępna jest dostateczna ilość żetonów (ang. token) do uruchomienia pakietu/modułu.
Uprzejmie przypominamy o konieczności zamieszczania w artykułach informacji o wykorzystaniu krajowej licencji Accelrys. Oryginalne sformułowanie umowy brzmi:
- "To acknowledge use of the country-wide license in every scientific paper where the software in the Country wide license is used".
Uprzejmie przypominamy, że do końca stycznia każdego roku kierownicy grantów powinni dostarczyć do WCSS sprawozdania, w tym kopie artykułów, w których wykorzystano oprogramowanie Accelrys lub wyjaśnienie dlaczego, mimo wykorzystania licencji, takie publikacje nie powstały.
- Uruchamianie aplikacji
Obliczenia testowe należy wstawiać do kolejki shortMSI lub short. Poszczególne programy uruchamia się używając jednej z komend (lokalizacja: /usr/local/bin):
> cerius2 (domyślnie najnowsza wersja pakietu)
> quanta (domyślnie najnowsza wersja pakietu) > quanta2000
> catalyst (domyślnie najnowsza wersja pakietu) > catalyst_480
Ponieważ powyższe pakiety wykorzystują do wizualizacji bibliotekę DGL (ang. Distributed Graphic Library, zamknięta wersja OpenGL opracowana przez SGI), aby uruchamiać programy zdalnie, trzeba używać komputera SGI jako maszyny klienckiej lub posłużyć się przy uruchamianiu programu opcją -X11, która wymusi wykorzystanie graficznych bibliotek systemu X-Window. Więcej informacji znajduje się w artykule o przekierowaniu wyświetlania.
- Wstawianie zadań do kolejki
Zadania należy uruchamiać posługując się poleceniem PBS qsub, bliżej omówionym w artykule System kolejkowania.
Dokumentacja
Dokumentacja w formie książkowej dostępna jest w WCSS, pok. 6. WCSS posiada także dostęp do dokumentacji najnowszych wersji produktów w postaci elektronicznej (pdf), aby z nich skorzystać prosimy o kontakt z administratorami.
Accelrys w sieci:
- Strona główna firmy Accelrys
- Insight II
- Cerius2
- Quanta
- Catalyst
- Strona Accelrysa w ICM
- Informacje o licencji krajowej
- Biuletyn Accelrys eFlash
Zobacz też: Oprogramowanie KDM
| Oprogramowanie naukowe |
Biovia | Discovery Studio ⋅ Materials Studio [ CASTEP ] |
|---|
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|