Insight II: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
Linia 1: Linia 1:
−
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < [[Accelrys]]</small>
+
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < [[Accelrys]] < Insight II</small>
−
{{aplikacja|nazwa=Insight II|logo=|serwer=[[Tezro]]|wersja=2005|wersja2=2000.1|wersja3=4.00P+}}
+
{{aplikacja|logo=[[Plik:Accelrys_logo|133px]] |nazwa=Insight II|logo=|serwer=[[Tezro]]|wersja=2005|wersja2=2000.1|wersja3=4.00P+ |kontakt=admin@kdm.wcss.wroc.pl}}
 
'''Insight II''' - spadkowe oprogramowanie chemiczne firmy [[Accelrys]], funkcjonalność Insight II została przeniesiona do nowszego produktu tej firmy: [[Discovery Studio]]. Oba, nierozwijane już pakiety Insight II i [[Cerius2]], przeznaczone są do szeroko rozumianego modelowania molekularnego w środowisku 3D. Składają się ze zintegrowanego środowiska użytkownika oraz modułów pozwalających na modelowanie, modyfikowanie, wizualizację i analizę dużych układów biomolekularnych (np. białek, kwasów nukleinowych) oraz chemii i fizyki nowych materiałów, od modelowania homologii do projektowania katalizatorów. Dostępne tylko dla platformy SGI z możliwością pracy zdalnej [[Przekierowanie wyświetlania|via X11]] lub GLX.
 
'''Insight II''' - spadkowe oprogramowanie chemiczne firmy [[Accelrys]], funkcjonalność Insight II została przeniesiona do nowszego produktu tej firmy: [[Discovery Studio]]. Oba, nierozwijane już pakiety Insight II i [[Cerius2]], przeznaczone są do szeroko rozumianego modelowania molekularnego w środowisku 3D. Składają się ze zintegrowanego środowiska użytkownika oraz modułów pozwalających na modelowanie, modyfikowanie, wizualizację i analizę dużych układów biomolekularnych (np. białek, kwasów nukleinowych) oraz chemii i fizyki nowych materiałów, od modelowania homologii do projektowania katalizatorów. Dostępne tylko dla platformy SGI z możliwością pracy zdalnej [[Przekierowanie wyświetlania|via X11]] lub GLX.
  
−
==== Uruchamianie aplikacji ====
+
== Licencja ==
−
Aplikacja w WCSS dostępna jest na komputerze [[Tezro]] z systemem kolejkowania [[OpenPBS|PBS]]. Obliczenia testowe należy wstawiać do kolejki <code>short</code>. Program uruchamia się używając jednej z komend (lokalizacja: /usr/local/bin):
+
Funkcjonalności produktu InsightII rozwijane są w nowym pakiecie firmy Accelrys [[Discovery Studio]]. W związku z tym, produkt dostępny jest w ograniczonym zakresie.
 +
 
 +
=== Informacje o wykorzystaniu ===
 +
{{Podziękowanie_WCSS}}
 +
 
 +
== Uruchamianie aplikacji ==
 +
Aplikacja w WCSS dostępna jest na komputerze [[Tezro]] z systemem kolejkowania [[PBS]]. Obliczenia testowe należy wstawiać do kolejki <code>short</code>. Program uruchamia się używając jednej z komend (lokalizacja: /usr/local/bin):
  
 
  > '''insight'''      (domyślnie wersja 2005)
 
  > '''insight'''      (domyślnie wersja 2005)
Linia 10: Linia 16:
 
  > '''insight_400'''
 
  > '''insight_400'''
  
−
===== Znane problemy =====
+
=== Znane problemy ===
 
*Insight II 2005
 
*Insight II 2005
 
:Odnotowane zostały problemy w przekierowaniu wyświetlania pakietu w wersji 2005 przez użycie opcji -X11. Użytkowników pracujących na stacjach z systemem Linux zachęcamy do zainstalowania i korzystania z GLX (wtedy po zalogowaniu przez <code>ssh -X tezro</code> wystarczy uruchomić polecenie <code>insight</code>). Pozostali użytkownicy mogą korzystać z poprzedniej wersji pakietu uruchamianej poleceniem <code>insight_2000.1 -X11</code>.  
 
:Odnotowane zostały problemy w przekierowaniu wyświetlania pakietu w wersji 2005 przez użycie opcji -X11. Użytkowników pracujących na stacjach z systemem Linux zachęcamy do zainstalowania i korzystania z GLX (wtedy po zalogowaniu przez <code>ssh -X tezro</code> wystarczy uruchomić polecenie <code>insight</code>). Pozostali użytkownicy mogą korzystać z poprzedniej wersji pakietu uruchamianej poleceniem <code>insight_2000.1 -X11</code>.  
Linia 16: Linia 22:
 
:Podczas przekierowania wyświetlania z użyciem OpenGL mogą pojawić się problemy, zaleca się uruchamianie aplikacji z opcją -X11.
 
:Podczas przekierowania wyświetlania z użyciem OpenGL mogą pojawić się problemy, zaleca się uruchamianie aplikacji z opcją -X11.
  
−
==== Wstawianie zadań do kolejki ====
+
=== Wstawianie zadań do kolejki ===
 
Zadania należy uruchamiać posługując się poleceniem [[OpenPBS|PBS]] '''qsub''', bliżej omówionym w artykule [[System kolejkowy|System kolejkowania]].
 
Zadania należy uruchamiać posługując się poleceniem [[OpenPBS|PBS]] '''qsub''', bliżej omówionym w artykule [[System kolejkowy|System kolejkowania]].
  
−
==== Dokumentacja ====
+
== Dokumentacja ==
 
Dokumentacja w formie książkowej dostępna jest w [[WCSS]], pok. 6.
 
Dokumentacja w formie książkowej dostępna jest w [[WCSS]], pok. 6.
  

Wersja z 12:50, 17 lip 2012

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Accelrys < Insight II

Insight II
Serwer Wersja
Tezro 2005
2000.1
4.00P+
Kontakt
admin@kdm.wcss.wroc.pl

Insight II - spadkowe oprogramowanie chemiczne firmy Accelrys, funkcjonalność Insight II została przeniesiona do nowszego produktu tej firmy: Discovery Studio. Oba, nierozwijane już pakiety Insight II i Cerius2, przeznaczone są do szeroko rozumianego modelowania molekularnego w środowisku 3D. Składają się ze zintegrowanego środowiska użytkownika oraz modułów pozwalających na modelowanie, modyfikowanie, wizualizację i analizę dużych układów biomolekularnych (np. białek, kwasów nukleinowych) oraz chemii i fizyki nowych materiałów, od modelowania homologii do projektowania katalizatorów. Dostępne tylko dla platformy SGI z możliwością pracy zdalnej via X11 lub GLX.

Licencja

Funkcjonalności produktu InsightII rozwijane są w nowym pakiecie firmy Accelrys Discovery Studio. W związku z tym, produkt dostępny jest w ograniczonym zakresie.

Informacje o wykorzystaniu

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Uruchamianie aplikacji

Aplikacja w WCSS dostępna jest na komputerze Tezro z systemem kolejkowania PBS. Obliczenia testowe należy wstawiać do kolejki short. Program uruchamia się używając jednej z komend (lokalizacja: /usr/local/bin): 

> insight       (domyślnie wersja 2005)
> insight_2000.1 
> insight_400

Znane problemy

  • Insight II 2005
Odnotowane zostały problemy w przekierowaniu wyświetlania pakietu w wersji 2005 przez użycie opcji -X11. Użytkowników pracujących na stacjach z systemem Linux zachęcamy do zainstalowania i korzystania z GLX (wtedy po zalogowaniu przez ssh -X tezro wystarczy uruchomić polecenie insight). Pozostali użytkownicy mogą korzystać z poprzedniej wersji pakietu uruchamianej poleceniem insight_2000.1 -X11.
  • Insight II 2000.1
Podczas przekierowania wyświetlania z użyciem OpenGL mogą pojawić się problemy, zaleca się uruchamianie aplikacji z opcją -X11.

Wstawianie zadań do kolejki

Zadania należy uruchamiać posługując się poleceniem PBS qsub, bliżej omówionym w artykule System kolejkowania.

Dokumentacja

Dokumentacja w formie książkowej dostępna jest w WCSS, pok. 6.

Insight II w sieci:

Zobacz też : Licencja i żetony


Oprogramowanie
naukowe 		Biovia Discovery Studio ⋅ Materials Studio [ CASTEP ]
Oprogramowanie
naukowe 		Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD:  Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k


Źródło: „https://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Insight_II&oldid=3162”